macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

リアルタイム解析

ディープCNNによってONTのバーコーディングロングリードをdemultiplexingするdeepbinner

Multiplexing(バーコード)は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…

ナノポアのrawロングリードからプラスミドを同定する tiptoft

急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences(PacBio)およびOxford Nanopore Technologies(ONT)のロングリードDNAシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使用され始めている(Faria et al、2017; J. Quick et al、2005 2015)および急速な感染症の…

メタゲノムのリアルタイム分類ツール LiveKraken

ゲノムシーケンシングデータのリアルタイム解析は、シーケンサがまだ稼動している間にデータを分析できるため、過去数年にわたって特に注目を集めている。しかし、Minionシーケンサーをベースにしたライブ解析アプローチの可能性は、これらのデバイスのスル…