macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-07-16から1日間の記事一覧

マルチプルアラインメント結果からコンセンサス配列を出力するEMBOSSのconsコマンド

タイトルの通りのコマンド。 HP EMBOSS: cons インストール macos10.12の miniconda3-4.3.21環境でテストした。 condaやbrewで導入できる。 #bioconda (link) conda install -c bioconda -y emboss #homebrew brew install emboss > seqret -h $ seqret -h R…

マッピングベースのメタゲノム存在量プロファイリングを行う MiCoP

微生物は、土壌、海水、人体など、地球上のほとんどすべての生態系に遍在している。単細胞生物はこれらの環境のそれぞれにおいて多くの重要な役割を果たしている[ref.1、2]。サンプル中に存在する微生物を特定することは、これらの生物によってどのような機…