macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-04-19から1日間の記事一覧

SRA Toolkitのfasta-dumpを高速化した fasterq-dump

2019 4/29 複数ファイルダウンロード例 タイトルの通りのコマンド。 使い方だけ簡単に紹介します。 fasterq-dumpに関するツイート worked all day on a bash scrip to fetch & convert all European and African @1000genomes SRA files. <for i in *.sra ; do fasterq-dump $i -O ./ -t $home/Desktop/fasterqdumptempfiles -e 12 -S -p ; done > mac is smoking no</for>…