macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-02-20から1日間の記事一覧

FASTAやFASTQの塩基数をカウントする

インストール TECHOVERFLO((https://techoverflow.net)の公開しているpythonスクリプトを利用させてもらう。該当記事(リンク)からコピーして、ファイル名 fasta-stats.pyで保存。 "chmod u+x python fasta-stats.py"で実行権もつけておく。 > python fas…

k-merを高速にカウントする KCMBT

アセンブル、リピート検出、エラー検出などNGSの多くの方法論においてk-merカウンタが使用されている。大規模なデータのk-mersを数えるには、非常に高速で効率的なアルゴリズムが必要となる。KCMBTは、このk-merカウント問題のためのアルゴリズム。KMC2より…

置換、indel、ホモポリマーに対応したエラーコレクションツール Pollux

PolluxはIllumina、Ion Torrent、Roche 454のシーケンスエラーを訂正する汎用エラーコレクションツール。置換エラーのほかに、挿入、削除、およびホモポリマーのエラーを検出可能である。公開データでテストされており、Illumina MiSeqの94%、Ion Torrent …