macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-25から1日間の記事一覧

BEDOPSを使いVCF, GTF, GFF などを BED に変換 する。

BEDヘの変換はawkやperlやpythonのスクリプトで簡単にできるが、BEDOPSのvcf2nedを使うと、indelの種類などによってフィルタリングしながら分類することができ便利である。 BEDOPSがない人はbrewで入れておく。 brew install BEDOPS 公式マニュアル http://b…