macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-06から1日間の記事一覧

サンプル間で共通する変異と固有の変異を抽出する

2019 11/19 コマンドエラー修正(A、Bの比較なのにCの表記がある) 2020 10/20 インストール追記 以前ショートリードからindelとSNVを検出するワークフローを紹介した。 複数サンプルがある場合、上記のような方法でVCFファイルを出力した後、サンプル間で共…

small indelとSNV検出のワークフロー 準備編

2020 9/2 追記 インストール追記 2020 9/4 コメントいただいた部分を修正 この投稿はSNVとindel検出に必要なツールの準備編です。 実際の検出のワークフローは以下のエントリーを確認してください。 --準備するもの-- 解析に必要なソフト GATK BWA Picard Sa…