ONTのfast5形式の公開データを探してみる - macでインフォマティクス

NCBIはオックスフォード・ナノポアの.fast5ファイルのサブミットを受け付けていて、マニュアルによると（NCBI SRA File format guide）、fast5ファイルのセット全体をtar.gzファイルで受け付けるとある。

NCBI SRAで"fast5 ONT "と検索したところ50件ヒットした。

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Data in Cloud (gs = Google Cloud Storage, s3 = Amazon Simple Storage Service)

実際は、上の検索方法ではfast5がサブミットされているのかどうか絞りきれていない。検索漏れもあると思う。fast5のファイルがサブミットされていれば、data accessタブからAWSかGCSのリンクが見つかる。

これらはfast5 formatとして公開されている。リンク先からクラウドストレージやローカルマシンにダウンロードしたら、そのままディレクトリに格納してguppyなどでfastqを生成できる。

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guppy5.011での出力。6.8GBのfast5をbasecallするのに1660 GTXで100分ほどかかった。

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ENAでも少しだけ見つかる。

参考