2018 12/10 タイトル訂正 2020 9/7追記2020 9/11 わかりにくい説明を修正、9/11 簡単な並列処理例追記、9/12.9/15 taxonkit コマンド修正, わかりにくい部分を修正、10/3 taxonkitのコマンドを修正、10/10 コマンド微修正、10/28 誤字修正 2022 1/6 例のパラ…

2019 11/8 コマンドのミス修正（"Escherichia coli" => "Escherichia"） 2019 12/19 関連ツールリンク追加 タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境ならconda…

次世代シークエンシング（NGS）技術は、以前はあまりにも労働集約的であると考えられていた実験を日常的な作業に変えた（Metzker、2010）。 NGSの1つの用途は、genetic diversityを定量化するために遺伝的にheterogousなpopulationsのシーケンシングである。…

微生物群集から直接抽出されたDNAの研究は、全ゲノムショットガンシーケンシングによって革命を起こした。バクテリア、ウイルス、真菌の種から数十億の短いDNA配列をサンプリングする能力は、多様な生態系の分類学的構成ならびにその中で起こっている過程を…

臨床試料中の全ウイルス量を研究し、急性および慢性感染時のウイルスquasispeciesの進化を評価する要求が高まっているため、Viromeメタゲノミクス研究分野は急速に増加している。Virome sequencing 技術の応用は、感染症研究だけでなく、主として非感染性条…

2012年、世界保健機関（WHO）は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…

Genome Detectiveは、ウイルスのゲノムを迅速かつ正確にアセンブリする使いやすいWebベースのソフトウェアアプリケーションである。提出された入力シーケンスデータ内のすべてのウイルス種について、真核生物ウイルスおよびファージからの配列に分類学的名称…

2020 1/5 ツイッターリンク追記、12/15 help更新 2023/07/24 追記 シーケンシング技術の最近の進歩により、細胞集団におけるheterogeneityおよびsub-populationsのより広範な研究、およびそれらの進化による「コンセンサス配列」からの移行が可能になった。…

ウイルスは地球上で最も豊富な生物学的実体であり、動物、植物、細菌、真菌類を含むあらゆる細胞型の生活の中で発見されている。 4500種以上のウイルス種が発見されてきている（論文執筆時点）。それらの配列情報は研究者によって収集されている[論文より re…

2019 3/1 コマンド及びランの流れ更新 2019 3/3 リンク修正 2019 3/14 condaインストール追記 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 9/27 コメント追加 2020 4/25 追記 ABRicateはTorsten SeemannさんがGithubに公開されている抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子…

微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…

2018 10/7 タイトル修正 、11/20 conda追加、12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 2022/06/25 help更新, 2033/09/26 コマンドの一部更新 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNA…

迅速で効率的なDNAシーケンシング技術の進歩により、堆積物[論文より ref.1] [ref.2]、水[ref.3]、氷[ref.4]、ヒトなど様々な環境から微生物群集を研究することが可能になった[ ref.6]。既知のDNA配列決定プラットフォームの中で、イルミナHiSeqおよびMiSeq…

ウイルスintegration部位の同定は、特定のウイルス感染に関連する疾患の病因および進行を理解する上で重要であるが、ウイルス - ホストjunction部位のNGSデータを解析するための現在の計算方法は、アクセス可能性の点で制限されている。たとえば、現在入手可…

ウイルスは常にヒトの体に生息している [論文よりref.1]。細菌および真菌のように、ある種のウイルスは、ヒト免疫の調節にとって重要な低レベルの免疫応答を刺激し得るが、代謝ホメオスタシスもまた刺激し得る。これに関して、FoxmanとIwasaki [ref.4]は、一…

ウイルス感染は、様々なヒト悪性腫瘍の共通の危険因子である。例えばB型肝炎ウイルス（HBV）は、感染時にヒトゲノムに組み込まれ、発癌にかかりやすい遺伝子機能の破壊をもたらすことがある。過去には、PCRに基づきウィルスを検出していたが、制限が多かった…

伝統的なウイルス同定法は単離および培養に依存しており、時間がかかるだけでなく、多くのウイルスおよび宿主が培地で増えないため実行不可能なことも多い。 2004年に登場したNGSの技術により、ウイルスとその存在量を迅速に測定することが可能になった。ウ…

VIPはメタゲノムデータからホスト由来のコンタミリードを除き、virus由来のリードをアセンブルしてviursを分類・検出するパイプライン。クオリティトリミングからvirusのデータベースにリードをアライメントして照合することまで自動化されており、シンプル…

sparNAはウィルスゲノムのアセンブリツール。ウィルスゲノムはRNA ploplymeraseのエラー率の高さなどの要因でhetero genesityが非常に高いため、特別な仕分け方をしない限りpopulation genomeやmeta genomeのデータセットに近い状態でシーケンス解析が行われ…

Accession IDを使い、virusのゲノム配列(FASTA)をダウンロードする。 NCBIのvirus Genomesに移動する。 左下の方の"Accession list of all viral genomes"をクリックしてvirusのリストをダウンロードする。 このようなリストが入手できる。 user$ head taxid…

RNAウィルスのシーケンスでは、逆転写やPCR増幅のbiasにより極めて不均一なカバレッジになってしまうことが知られている。１本の鎖の中のカバレッジが大きく変動するため、一般のde brujinグラフのアセンブルツールはもとより、鋳型量が異なるmRNAやメタゲノ…

ccontigsはコンティグ末端の配列がオーバーラップしているかどうか調べることで、コンティグからclosed circularなゲノムを探すツール。環状のプラスミドやウィルスを検出できるとされる。論文にはなっていない。 ただし直鎖状コンティグでも末端が重複して…

IVA (Iterative Virus Assembler)はウィルス用のDNAアセンブラ。2015年に発表された。カバレッジが大きく変動するウィルスゲノムのアセンブルに対応しているとされる。入力データはilluminaのペーアドエンドである。前もって作ったcontigからscaffoldを作っ…