SVGen Documentより 構造変異（SV）用の既存のシミュレーションツールは、一部はSNV（single-nucleotide variants）をシミュレートせず、またシミュレートされたシーケンスリードを生成してSVコーラーソフトウェアをベンチマークする外部プログラムが必要と…

構造変化（SV）はドナーゲノムの構造変化をもたらすゲノム変異である。Indels、コピー数変動（CNV）およびゲノム再編成はすべてSVのサブクラスである。多くの研究は、SVが正常なヒト集団[論文より ref.1,2]ならびに癌ゲノム[ref.3-5]において広く広がってい…

2018 8/7 ホストからジョブを投げるようにコマンド修正 2018 8/8 realignコマンド修正 2020 4/15 コマンド記載ミス修正 2022/09/17 タイトル修正 第2世代のDNA配列決定技術の技術的進歩により、全ゲノム配列決定（WGS）データを生成するために必要なコストと…

次世代シークエンシング（NGS）に基づいて、単一ヌクレオチド変異（SNV）または挿入 - または欠失（indel）突然変異を呼び出すための様々なアプローチが開発されている。しかし、それらの大部分は、特定のタイプの突然変異に捧げられている。正常細胞におけ…

追記 4/16 エラーが大量に出たので内容を修正しました。 遺伝性疾患と癌の両方を含む、疾患の原因である突然変異を発見するためのゲノムシーケンシングの使用は、近年爆発的に増加している。全ゲノムシーケンスおよび全exomeシーケンスは、疾患表現型の原因…

構造変化（SV）は欠失（DEL）、挿入（INS）、複製、逆位（INV）および他の複雑な再編成を含む50bpを超えるセグメントをカバーする。一塩基多型（SNP）と比較して、SVは、カバーされたヌクレオチドの数が多いため、ヒトゲノムの差異をよりたくさん説明する（B…

2019 5/30 インストール追記 Strelkaは、マッピングされたbamから生殖細胞系列および体細胞系列の変異を検出する。体細胞突然変異の検出では、約5-10％の腫瘍の純度まで良好な結果を出せるとされる。 デフォルトでは49以下のサイズのindelも検出する。入力サ…