automatic pipeline
2015
Journal of Microbiological Methods
assembly
初心者向け
GUIツール
bacteria
workflow
quality check
local assembly
evaluation tool
contigのscaffolding
genome assembly reconciliation
Reference-assisted assembly
automatic pipeline
Pos 最近の全ゲノムシーケンシング(WGS)技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある(Hasman et al、2014; Rhoads e…
ゲノム比較 (comparative genomics)
GUIツール
生物種の推定 (taxonomic profiling)
結果の視覚化 (visualization)
抗生物質耐性遺伝子 (ARGs)
workflow
bacteria
annotation
clinical and diagnostic
web tool
AMR
automatic pipeline
2017
Genome Biology
ハイスループットシーケンシング(HTS)技術は多くの微生物学的問題に対処するための費用対効果の高い便利なアプローチとして浮上し、この分野を大きく変えている。完全なゲノム情報にアクセスすることは、微生物学における基礎研究に革命をもたらし、例えば…
結果の視覚化 (visualization)
metagenome
workflow
2016
Scientific Reports - Nature
automatic pipeline
Binning (metagenomics)
2019 7/6 インストール、ラン追記 MyCCは全プロセスを自動化したメタゲノム解析ツール。contigのfastaファイルを入力すると、配列の特性に従って自動で分類し、binning向けに色がついた図を描画し、さらにクラスタリングされたfastaまで出力することができる…