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2021 2/13 誤字修正 2023/03/05 テストラン追記 微生物群集の構成を明らかにし、微生物集団の動態を解明し、環境試料中の微生物の多様性を探るための主要な手法の一つとして、DNAやRNAを用いた16S rRNA（遺伝子）アンプリコンシークエンシングとバイオインフ…
nf-core/deepvariantより 2017年12月にGoogleブレインチームがDeepLearningをベースにしたVariant Caller, DeepVariantをリリースした。DeepVariantはまずBAMファイルに基づいて画像を構築し、次にDeepLearningの画像認識アプローチを使用してバリアントを取…
2021 2/9 タイトル修正 2021 2/12, 2/15コマンド追記 2021 5/16 コメント追記 全ゲノムシークエンシング(WGS)は、精密医療の発展のための研究の基盤技術であるが、WGS解析のためのポータブルで使いやすいワークフローが限られていることが、多くの研究グルー…
2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム（MAG）は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…
2021 1/25 わかりくい説明を修正、タイトル修正 RNAシーケンシング（RNA-seq）は、一般的で広く普及している生物学的アッセイであり、それによって生成されるデータの量は増加している。実際には、生のRNA-seqリードから発現変動遺伝子などの直接的に価値の…
2021 1/8 誤字修正 大規模な並列シーケンシングの進歩とシーケンシングコストの劇的な削減により、RNAのディープシーケンシング（RNA-Seq）はRNA転写産物の同定と定量化のための主要なツールとなった。今日、RNA-Seqは、創薬標的の同定、新規遺伝子制御機構…
2021 2/8 mambaインストール追記 微生物群集の機能的能力の解析は、マイクロバイオームに基づく研究の重要な要素となっており、腸内マイクロバイオームとうつ病[ref.22]、自閉症[ref.18]、2型糖尿病[ref.16]などの宿主の状態との間の関連性についての新たな…
2020 12/17 誤字修正 2021 1/25 help追記, linkミス修正 2021 11/10 説明追加 2023/08/23 チュートリアル追記 単離物やメタゲノムアセンブリ、シングルセルのゲノム配列解読はますます加速しており、これらはすべて公的資源によって利用可能になってきている…
2021/11/26 追記 シーケンス技術とアセンブリアルゴリズムは成熟し、大規模で反復性のあるゲノムでも高品質なde novoアセンブリが可能になってきた。現在のアセンブリは、トランスポーザブルエレメント（TE）をトラバースし、TEのアノテーションを可能にして…
2020 10/31 説明を追加 2021 2/11 docker インストールにv５.01追加 Cell Rangerは、ChromiumのシングルセルRNA-seq出力を処理して、リードのアラインメント、フィーチャ-バーコードマトリックスの生成、クラスタリングと遺伝子発現解析を行う解析パイプライ…
2021 10/1 論文引用 ハイスループットシーケンシングの進歩は、RNA-Seqトランスクリプトームデータの膨大な増加をもたらした。しかし、特定の組織、状態、単細胞生物、微生物群集での迅速な遺伝子発現プロファイリングが期待されているが、新たな計算上の課…
2020 9/5 修正 2020 9/7 誤字修正、出力追記、 2023/07/04 論文引用 ハイスループットシーケンシングにより、利用可能な単離株、シングルセル、メタゲノムからの微生物ゲノムの数が増加している。これらのゲノムを解析・比較するためには、高速で包括的なア…
発現情報に加えて、RNAシークエンシング（RNA-seq）データは、分析対象の生物の遺伝子に存在する体細胞変異を取得するために使用することができる。CalliNGS-NFパイプラインは、RNAseqデータを処理して、スモールバリアント（SNV）、SNP、およびsmall INDELs…
多剤耐性菌の感染は、多くの場合、治療の選択肢が限られているか、あるいは全くないままである。細菌種間での遺伝子の水平移動によるプラスミドの移動は、抗生物質耐性遺伝子（ARG）拡大の重要なモードを表している。ここでは、複数の細菌種内および細菌種間…
2020 8/14、15、10/1、10/2 追記, タイトル修正、誤字修正 2021 2/9、9/4 追記 2022 1/.29 12/23 condaインストール修正、 追記 2023/01/04, 01/09.01/11 間違った説明を修正、Documentリンク修正、画像追加 2023/03/03 braker3.0の公開について 遺伝子予測…
2020 7/6 追記 系統樹は進化関係の推論に広く用いられている。既存のソフトウェアやアルゴリズムでは、主に系統樹の推論が中心となっている。しかし、非常に大規模な配列の処理や、複数のソフトウェアを接続するためのconfigureファイルの作成など、中間的な…
2020 6/29 補足説明追加。 RNA-seq技術は、導入以来、病原性細菌の研究において異なる条件にさらされた細菌からの複数のサンプルにわたる遺伝子発現の違いを同定し、定量化するために広く利用されてきた。一部の例外を除いて、遺伝子発現を評価するための現…
脊椎動物ラージゲノムの全ゲノムショットガン（WGS）アセンブリは、過去20年間のバイオインフォマティクス研究の重要なテーマだが、脊椎動物の大型ゲノムについては、単一のバイオインフォマティクスツールを用いて完全にアセンブリされた染色体を得ることは…
2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 2021 10/5 ツイート追記 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系（例：海洋、構築、宿主関連など）を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノ…
2020 5/15 snpEffのデータベース追加方法を追記, step2とlogの写真差し替え、dockerのコマンド追加、補足修正 2020 5/16 出力の写真差し替え、レポート追加 2020 10/11,10/12 インストールコマンド修正 2021 9/21 タイトル修正 ニューヨーク大 - Center for …
2020 5/9 誤字修正 2020 12/22 論文追加 ここ数年の間に、メタゲノミクスにより何百万もの新しいウイルス配列のアセンブルが可能になり、地球上のウイルスの多様性に関する知識が大幅に拡大した。しかし、これらの配列は小さな断片から完全なゲノムまで様々…
2020 4/10 タイトル修正、説明と図追加 RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析・可視化するためのクラウドプラットフォームである。FASTQファイルの定量、品質管理指標の計算、発現変動遺伝子の解析の実行、機能解析による結果の説明を可能にすることで、数…
2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…
2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 2020 12/9 ツイート追加 2021 2/24アップデートされたコマンドに修正 2021 10/7 ツイート追加 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムの…
微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra（MAGO）は、複数のマ…
系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域（比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など）を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr（ref.1）はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…
2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」（ORF）]およびリボソーム…
大規模並列シーケンシング、または次世代シーケンシング（NGS）は、従来のSangerシーケンシングと比較してスループットの大幅な増加と低存在量のバリエーションを検出するこれまでにない能力により、遺伝的バリエーションの探索方法に革命をもたらした。シー…
