BLAST
メタゲノミクスは、環境サンプルから回収された遺伝物質の研究である。これらのサンプルは、特定の環境の多様性や生態学に関する情報を提供する。メタゲノミクス研究は通常、ショットガンシーケンスデータセットから得られた微生物シーケンスに焦点を当てて…
2021 4/13 誤字修正 2015年のペーパーより ゲノム配列中のタンパク質をコードする遺伝子および偽遺伝子を同定するための新しい方法の開発は、ゲノム時代における主要なチャレンジの一つである。実験的アプローチによってもたらされた並外れた支持に加えて、…
The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) は、クエリとデータベース配列との間で共有される類似のサブ配列を迅速に見出す(Altschul et al., 1997)。その用途には、共有された配列の類似性から相同性を推定すること、特徴付けられていない配列に関連す…
異なる生物ゲノムの保存されたシンテニーのパターンを理解することは、分子生物学の分野における中心的な事業である。元々synteny（以後シンテニー）は細胞遺伝学によって定義され、単一の染色体上に位置する2つ以上の遺伝子座の存在を言及した（論文より re…
病原性細菌の薬剤耐性（Antimicrobial resistance: AMR）は、世界中の公衆衛生上の脅威となっている。最も重要なのは、近年数が増えている多剤耐性（MDR）菌である（論文より ref.1）。これらの病原体の周知の例には、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）…
2019 4/2 文章修正 2021 8/14 論文引用 2023/07/06 help更新 Magic-BLASTは、NGSシーケンスデータ（Illumina、Roche-454、ABI（SOLiDを除く））をゲノムやトランスクリプトーム全体に対してマッピングするため開発されたNCBI BLASTの派生ツール。Magic-BLAST…
ハイスループットシークエンシングは広範な技術となり、進化的研究を含む様々な研究分野でアクセス可能となっている。ゲノムが利用できない生物の転写産物をシーケンスし、注釈を付ける能力は、分子進化の分野における生物学者、特に非モデル生物を含むルー…
タンパク質データベースの検索は、バイオインフォマティクスなどのライフサイエンス分野で非常に重要な課題となっている。データベースサイズの指数関数的増加と共に分析される新しいデータの量がますます大きくなってきているため、既存のツールを使用した…
2019 1/17 condaインストール追記 2019 1/29 追記 2020 7/23 誤字修正 2020 7/24 help更新、例修正 シーケンシング技術の急速な進歩により、微生物の大量シーケンシングデータを作成することが可能になった。このようなデータの解析では、コンティグやリード…
2018 11/07追記 2018 11/16 誤字修正 2020 9/26 NCBI Staffのツイート追記 プライマーデザイン時には、GC率が適度か、ヘアピンループを取らないか、ダイマーを作らないかなどはチェックされるが、ゲノム全体で特異的な増幅が可能な組み合わせになっているか…
2019 1/20 help追加 、コマンド追記, 6/9 -コマンド例から-max-target-seqs削除, 7/19 追記 2021 2/13 ツイート追記 2022/04/07 インストール追記、07/22 例追記、help更新 Diamondはindexのつけ方を工夫することでBLASTXの解析速度を加速できるツール。blas…
2020 10/9 リンク追加 複数の配列のblast解析を行う場合、ローカルでデータベースなどを構築して進めるのが一つの手である。しかしローカルだとデータベースの更新や、データサイズが問題になる（例えばnrのデータも2015年にダウンロードすると200GBを超えて…
ローカルblastは通常genbankファイルを扱えない。そのため、ACTのようなツールでゲノム比較を行うためには以下のような面倒な流れを取る必要がある。 gbkファイルの入手。 ↓ fastaファイルの抽出（またはgenbankと同じfaファイルの入手） ↓ ローカルblast、…
