macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2020

NanoporeシークエンシングデータからディファレンシャルRNAの修飾を同定する xPore

RNAの発現の違いは、細胞の分子的アイデンティティ、ヒトの疾患に関与するパスウェイ、臨床表現型に関連する患者間のRNAレベルのばらつきなどについての洞察を提供する。m6AのようなRNA修飾は、RNAの分子機能に寄与することがわかっている。しかし、RNAの修…

Genome Detective Coronavirus Typing Tool

Genome detectiveは、次世代シーケンサーのデータセットから既知の全てのウイルスゲノムを迅速かつ正確にアセンブルする、ウェブベースの使いやすいソフトウェアアプリケーションである。このアプリケーションでは、アセンブルされたFASTA形式のゲノム配列か…

全ゲノムのヌクレオチドを可視化する FluentDNA

研究者がゲノムアセンブリを裸で見ることはほとんどない。その代わりに、DNA配列の属性は、統計、アノテーション、高レベルの要約によって媒介される。ここでは、全ゲノムアセンブリーの裸の配列をズーム可能なインターフェースで可視化するソフトウェアを紹…

オルガネラゲノムをプロットするオンラインプログラム Chloroplot

ゲノム構造の複雑さとそのユニークな構造を理解することは、これらの特徴を表現するために使用される視覚化ツールの能力と関連している。このようなツールは、ゲノムコンテンツの現実的でスケーラブルなバージョンを提供することができなければならない。こ…

ゲノムスケールの代謝モデルをメタゲノムから直接再構築する metaGEM

2021 7/2, 7/5, 7/6 追記 2021 10/7 論文引用 2021 10/15 ツイート追記 複雑な微生物群集のメタゲノムアセンブルゲノム(MAG)の再構築により、種間・種内の遺伝的多様性が明らかになってきた。しかし、代謝モデリングの取り組みは、ゲノムスケールの代謝モ…

(メタゲノム) ロングリードのビニングツール MetaBCC-LR

メタゲノム研究は、さまざまな環境下で見られる微生物群集の構成と構造に関する重要な知見を提供している。メタゲノムデータを解析するための技術のうち、ビニングは、存在するさまざまな微生物の種を特徴づけるための重要なステップと考えられている。しか…

MIRAを使って環状MAGを構築する Jorg

メタゲノミクスは、培養されていない微生物や複雑な微生物群集から得られる遺伝情報の研究を促進する。しかし、ほとんどのサンプルは生物の複雑性や株の多様性が高いため、メタゲノミクスデータから完全な微生物ゲノム(ミスアセンブリのない環状)をアセン…

フィルタリングされた、包括的なヒト腸内prokaryotesゲノムコレクション HumGut

ヒト腸内細菌叢研究の大きな課題は、検証可能な完全なヒト腸内ゲノムコレクションが一般に公開されていないことである。本著者らは、健康なヒト腸の原核生物ゲノムの包括的なコレクションであるHumgutを作成し、世界的なヒト腸内細菌叢研究の参考とすること…

マイクロバイオームと表現型のデータを関連付ける統合データベース解析プラットフォーム MANTA

人体の内部または表面に存在する微生物、特に腸内マイクロバイオームは宿主との相互関係の中で生きている。これらの関係は宿主の代謝に重要な貢献をしており、通常、人間の健康には欠かせないものである。腸管のマイクロバイオータ(腸内マイクロバイオータ…

(シングルセル)メタゲノムアセンブリの機能的アノテーションを行う METABOLIC

マイクロバイオーム科学の進歩は、メタゲノミクスやシングルセルゲノミクスを用いて混合微生物群集から再構築されたゲノムから、微生物の生態を研究・推論できるようになったことが大きな要因となっている。このようなオミックスに基づく技術は、微生物のゲ…

キュレーションされ、統一したアノテーションが付けられたhuman gutメタゲノムのデータベースGMrepo

GMrepo (data repository for Gut Microbiota)は、キュレートされ、一貫してアノテーションされたヒト腸管メタゲノムのデータベースである。GMrepoの主な目的は、急速に増加しているヒトのメタゲノムデータの再利用とアクセスを容易にすることである。これは…

脊椎動物のオルソログデータベース OHNOLOGS v2

ヒトを含むすべての脊椎動物は、2回の全ゲノム重複(2R-WGD)を経た祖先から進化してきた。また、テレオスの魚類では、さらに3回目のゲノム複製(3R-WGD)が行われている。これらのゲノム重複から保持された遺伝子、いわゆるオルソログは、脊椎動物の複雑性…

sv-callers

構造変異(Structural variants: SV)は、ガンをはじめとするさまざまな遺伝病に関与する重要な遺伝的変異の一種である。しかし、全ゲノムシークエンスの進歩にもかかわらず、ショートリードデータに含まれるSVを包括的かつ正確に検出することは、実用上およ…

ショートリードを忠実にマッピングする mmp

マッピングとは、あるDNAリードの元の位置を参照配列(通常はゲノム)の中から探し出すプロセスである。ショートリードマッパーは、ハイスループットシーケンシングを伴うほとんどのアプリケーションで使用されるソフトウェアツールである。そのため、ニーズ…

渦鞭毛藻類のゲノム情報をまとめたデータベース SAGER

渦鞭毛藻類は,サンゴやその他の無脊椎動物に不可欠な内共生生物である。渦鞭毛藻のゲノム構造と機能に関する情報は、サンゴの共生や白化現象を理解する上で非常に重要である。近年、シーケンシング技術の急速な発展に伴い、Symbiodiniaceaeの数種および多様…

シングルセルとバルクのトランスクリプトームのリファレンスフリーおよびリファレンスガイドアセンブリを行うrnabloom

シングルセルRNAシーケンス(scRNA-seq)技術はここ10年で急速に進歩したが、シングルセル・トランスクリプトーム解析のワークフローでは、主に遺伝子発現データが用いられており、シングルセルレベルでのアイソフォーム配列解析はまだかなり限定的である。…

MetaPop

微生物とそのウイルスは、海や土壌からヒトやバイオリアクターに至るまで、地球の生態系を動かす隠れたエンジンである。現在では、遺伝子マーカーによるアプローチは、ゲノム解析による個体群間(マクロダイバーシティ)および個体群内(マイクロダイバーシ…

BURST

次世代のDNAシーケンシングデータが計算能力が追いつかないほどの速さで出現しているため、基本的なDNAアライメント/マッピングの問題に対する近似ヒューリスティックな解法がますます使われるようになってきている。逆説的なことに、データが増えれば増える…

インタラクティブな出版品質の合成 Figure作成webツール canvasDesigner2

Scalable Vector Graphics (SVG) は、拡張可能なマークアップ言語 (XML) ベースのベクトル画像フォーマットであり、png, gif, jpg のような他の一般的な画像フォーマットのようにぼやけたピクセル化をすることなく、任意の解像度に拡張可能である。この形式…

事前計算された植物の遺伝子ファミリーの系統樹 PhyloGenes

著者らは、シロイヌナズナや他のモデル生物から得られた遺伝子機能に関する知識を、他の植物種に正確かつ効率的に伝達できるようにすることを目指している。このような知識移転は、植物の系統における個々の遺伝子やゲノム全体の重複のために、植物において…

陸域メタゲノムのキュレーションされたメタデータ公開リポジトリ TerrestrialMetagenomeDB

2022/06/25 タイトル変更 微生物群集の遺伝的可能性に着目したマイクロバイオーム研究(メタゲノム研究)は、微生物生態学の分野では標準的なものとなった。MG-RASTとSequence Read Archive (SRA)という2つの主要なメタゲノムリポジトリには、202,858以上の…

データベースやゲノムアセンブリの汚染・キメラアセンブリ配列を調べる conterminator

2022/06/22 タイトル修正, インストール手順追記 公的・私的リポジトリのゲノム数は、少なくとも過去10年間で急増しており、その主な理由は、塩基配列決定にかかる費用が急速に低下したことにある。また、公開されているゲノムデータベースGenBankは、EMBLや…

nf-coreのampliseqパイプライン

2021 2/13 誤字修正 微生物群集の構成を明らかにし、微生物集団の動態を解明し、環境試料中の微生物の多様性を探るための主要な手法の一つとして、DNAやRNAを用いた16S rRNA(遺伝子)アンプリコンシークエンシングとバイオインフォマティクス解析を組み合わ…

RNAseqのDEGsを視覚化する DrEdGE

Differential Expression Gene Explorer(DrEdGE)はウェブベースのツールで、インタラクティブなオンラインのデータビジュアライゼーションを簡単に作成できるようにgenomicists(*1)を案内する。 DrEdGEの機能を、公開されているデータセット(ヒトの神経…

生殖細胞バリアントや体細胞バリアントを検出する自動化されたパイプライン Sarek

2021 2/9 タイトル修正 2021 2/12, 2/15コマンド追記 2021 5/16 コメント追記 全ゲノムシークエンシング(WGS)は、精密医療の発展のための研究の基盤技術であるが、WGS解析のためのポータブルで使いやすいワークフローが限られていることが、多くの研究グルー…

配列をアセンブリグラフにマッピングしてグラフを拡張する minigraph

最近のシーケンシング技術の進歩により、個々のゲノムを参照ゲノムの質に合わせて組み立てることが可能になった。同一種からの複数のゲノムを統合し、統合された表現を生物学者が利用できるようにするにはどうすればよいのかは、依然として未解決の課題であ…

アセンブリグラフを用いたメタゲノムコンティグのビニングを行う GraphBin2

メタゲノムシークエンシングは、微生物群集の構造、多様性、生態を純粋な培養物を得ることなく研究することを可能にする。多くのメタゲノム研究では、メタゲノムシークエンシングから得られたリードは、最初に長いコンティグにアセンブリされ、これらのコン…

ハイブリッドアセンブリとビニング及び下流解析を行う自動化されたパイプライン MUFFIN

2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…

DNA・RNA・タンパク質の物理化学的特徴を調べるためのGUIアプリケーション VisFeature

2021 2/2 タイトル変更 遺伝子やタンパク質の一次配列から機能的属性を予測するバイオインフォマティクスアルゴリズムの開発には多くの努力がなされてきた。その際の課題の一つとして、ヒューリスティック手法や反復法によって選択された統計的特徴を直感的…

染色体イデオグラムや染色体間のシンテニープロットを描画する RIdeogram

近年、シーケンシング技術の発展、特にPacific Biosciences(Eidら、2009)およびOxford Nanopore Technologies(Laverら、2015)を含む第三世代シーケンシングの急速な進歩、BioNanoゲノムマッピング(Caoら、2014)およびハイスループットクロマチンコンフ…