結果の視覚化 (visualization)
ゲノムシークエンシングにより、細菌や古細菌の驚くべき多様性が明らかになったが、これらのゲノムを横断的に閲覧するための高速で便利なツールは存在しない。原核生物の多様性の中で、目的のタンパク質のホモログの存在率や、それらのホモログの遺伝子近傍…
大規模な比較ゲノム研究は、種の進化や多様性に関する重要な知見を提供してきたが、同時に可視化という大きな課題にもつながっている。膨大なゲノムデータに隠された重要な情報や、複数のゲノム間の関係を素早くキャッチし、提示するには、効率的な可視化ツ…
遺伝子の機能予測は生物学の理解に不可欠である。しかし、これらの予測は、実験的に特徴付けられた遺伝子の大規模なコレクションに依存しており、そのコンパイルには労力と時間がかかるだけでなく、科学文献の量と多様性を考慮すると不可能に近い。ここでは…
ゲノムの解析と比較は、アノテーション、オルソロジー予測、系統推論などのタスクのために、さまざまなツールに依存している。しかし、ほとんどのツールは単一のタスクに特化しており、結果を統合して可視化するためにはさらなる努力が必要である。このギャ…
遺伝子発現プロファイリングは、生物学的プロセスや疾患の理解に多大な貢献をしてきた。しかし、データ可視化ツールやパスウェイ解析ツールの多くは、膨大なデータフォーマットを必要とするため、特にバイオインフォマティシャンでない人にとっては、処理さ…
2023 5/30 タイトル修正 RNAシーケンスは、様々なRNAサブポピュレーションの発現に関する知識を得るために最も使用されるハイスループットなアプローチの1つとなっている。しかし、ライブラリー調製時やデータ解析時に発生する技術的なアーチファクトが、検…
特殊な機能をコードする遺伝子の共局在は、微生物ゲノムに共通し、より大きな真核生物のゲノムにも存在する。重要な例として、薬用、農業用、工業用として価値のある特殊な代謝物(例:antimicrobials)を生産する生合成遺伝子クラスター(BGC)がある。BGC…
PlasMapper 3.0は、出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、対話的に可視化できるウェブサーバーである。プラスミドマップは、遺伝子クローニング実験に関する重要な情報を計画、設計、共有、公開するために使用される。PlasMapper 3.0は、PlasMappe…
一般に公開されている膨大な数のRNA-sequencing (RNA-seq) ライブラリは、組織における既知または新規の転写産物の発現を定量化するための機能情報の宝庫である。しかし、転写産物の定量は、多くの計算資源と処理時間を必要とするアライメント手法に依存する…
MultiQCはkraken1と2のレポート出力の分析にも対応している。使用するには--reportをつけてkrakenを実行し、レポートファイルを作成しておく。 対応しているツール一覧 https://multiqc.info/modules/ kraken1とkraken2への対応 https://multiqc.info/module…
2023/04/10 タイトル変更 2023/04/11追記 純粋培養やメタゲノムから得られる微生物のゲノム配列の増加は、全ゲノムおよびショットガンシーケンス法の現在の達成可能性を反映している。しかし、ゲノムの可視化のためのソフトウェアは、自動化、異なる解析の統…
次世代シーケンサーによる実験では、データの探索的解析、トレンドの解釈、ターゲット/候補の特定、結果のわかりやすい直感的な可視化などが大きな課題となってる。これらの課題は、利用可能な解析ツールの大半がプログラミングスキルを必要とするため、コン…
ハイスループット技術は、ゲノムワイドな遺伝子発現パターンの変化を読み解くための一般的なツールとなった。遺伝子発現パターンの機能解析は、生物学的知識の公開リポジトリにしばしばアクセスする必要があるため、困難な作業である。一方、多くの場合、研…
クロロプラストゲノムは、植物の系統や進化を研究する上で広く利用されている。クロロプラストゲノムの可視化ツールは、ゲノム上の遺伝子の分布を表示するためにいくつか開発されている。しかし、これらのツールは、エクソン、イントロン、繰り返し要素、可…
NCBI Insightsより NCBIのComparative Genome Viewer (CGV)では、2 つのアセンブリ間のアライメントを表示および比較し、欠失、逆位、転座を含むゲノム配列および構造の違いを確認することができます。 NCBIのComparative Genome Viewer (CGV)で利用できる全…
レポジトリより近年の科学の進歩により、利用可能なゲノム配列情報は膨大な量に達している。以前は、この配列情報は単一の参照配列から構成されており、比較的容易に線形に可視化することができた。今日、私たちはしばしば、特定のDNA配列の複数のvariantsを…
HPより 単純な生物でさえ膨大な数の遺伝的特徴を持つため、シンテニックプロットでは膨大な数の接続が乱立し、構造を理解することが困難となる。AccuSynは、ゲノムビューとブロックビューの2つのビューでシンテニック関係を可視化することにより、高いレベル…
LinearDisplayは、ユーザー定義の遺伝的特徴(ORF、プロモーター、転写ターミネーター、制限酵素認識部位、プライマー結合部位、ファージ付着部位、標的部位重複、アセンブリ/コンティグ切断、RNA構造など)の出版品質の線形マップを生成するプログラムであ…
クロマチンの発現、タンパク質-DNA/RNA相互作用、アクセス性、構造などが条件や細胞種によってどのように異なるかを同時に可視化することにより、オルタナティブスプライシングの制御機構や機能的影響について理解を深めることができる。しかし、既存のSashi…
2024/04/06 論文追記 トランスポーザブル・エレメント(TE)は、ほぼ全ての真核生物ゲノムに存在し、様々な進化過程に関与している。TEに関する研究は非常に盛んだが、そのアノテーションと特性解析は、特に非専門家にとって依然として困難である。(i)断片的…
データの可視化は,研究者の間で結果を説明し,知識を共有するために重要な役割を果たす.しかし、多くの可視化ツールは十分なコーディング経験を必要としたり、特殊な用途のために設計されていたり、無償でなかったりする。ここでは、生物・化学データの可…
小児がんの遺伝子病変(sequence mutations や遺伝子融合など)とRNA発現を同時に可視化するウェブアプリケーション、ProteinPaintについて説明する。小児がんデータセットは、17サブタイプの小児がんから診断時または再発時に取得された27,188の検証済み体…
分子生物学や細胞生物学の分野において、様々な機能要素を持つ生体配列を可視化することは、科学的成果を発表する上で基本的なことである。しかし、現在使用されているアプリケーションの限界により、生物学的な模式図の作成にはまだかなりの課題が残ってい…
Multi-CSAR は、ターゲットゲノムのアセンブリにおいて、複数のリファレンスゲノムに基づくより大きなスキャフォールドにコンティグを効率的かつ正確に順序付け、方向付けることができるウェブサーバである。Multi-CSAR は、ターゲットゲノムと複数のリファ…
2022/05/30 タイトル修正 2024/03/06 追記 機能エンリッチメント解析は、生命科学におけるハイスループットなオミックスデータを解釈するために極めて重要である。この種のツールは、できるだけ多くの生物について最新のアノテーションデータベースを使用す…
近年、分類学的プロファイリングツールの方法論やリファレンスデータベースの改良が進んでいるが、メタゲノム解析ワークフローにおいては、メタゲノムアセンブリとゲノムビニングが依然として重要な柱である。リファレンス情報がない場合、ゲノムビニングはm…
同種の微生物細胞が共存すると、栄養嗜好から病原性までの表現型に影響を与える遺伝的変異を示すことが多い。本発表では、メタゲノムのペアエンドリードを用いて、全ゲノムにわたる集団内の遺伝的多様性(マイクロダイバーシティ)をプロファイリングし、マ…
シークエンスデータに含まれるウイルスや微生物の検出・同定は、病原体の診断や研究において重要な役割を担っている。しかし、この問題のための既存のツールは、しばしば高い実行時間とメモリ消費に悩まされている。本著者らは、ユニークなk-merの高速同定に…
ProFeatMapは、ドメイン、繰り返し配列、翻訳後修飾の位置などのタンパク質の特徴を、カスタマイズ可能なグラフィカルな2Dマップに素早く表示する、Pythonベースの直感的なウェブサイトである。ProFeatMap は、ユーザー定義のタンパク質リストから出発して、…
第3世代のゲノム解読技術により、高品質のゲノムアセンブリの数が急激に増加している。このため、個々の生物種の複数のアセンブルゲノムを比較することが可能になり、その構造的特性を可視化するための新しいツールが求められている。ここでは、ゲノム間の構…