ゲノム比較 (comparative genomics)
2018 11/16 tips追記 2019 3/9 docker pullリンク追記 2019 11/8 誤字修正 2020 4/6, 4/7 実行手順追記 2022/07/21 コマンド修正 Multilocus sequence typing（MLST）などの遺伝子ベースのタイピング法は、バクテリアpopulationsのゲノム研究のための「ゴー…
2018 11/12 リンクエラー修正 2019 3/9 分かりにくい部分を修正 過去10年にわたるショートリードシーケンシング、ロングリードシーケンシングおよびアセンブリの進歩（Salzberg et al、2011; Chin et al、2013; Hackl et al、2014）は、全ゲノムシーケンシン…
2019 5/7 インストール追記、6/16 パラメータ追記、6/16 upしたdocker イメージのエラー修正、6/18 link追加 2021 4/29 インストール追記、5/18 インストール追記 (condaによるpplacerの導入）、5/27 タイトル変更、5/29, 6/30 compareコマンド追記 2022/06/…
シーケンシング技術の発展により、複雑な非モデル生物ゲノムおよび生物共同体のゲノムをシーケンシングの標的とすることが可能になった。これらの非モデル生物のいくつかは、それらの環境から単離することが困難だったりin vitroでクローン化ができなかった…
2019 1/09 cocndaインストール追記 ,2/12 不要な文を削除, 4/12 dockerリンク追加 2020 4/2 インストール手順修正2022 03/28 help更新 さまざまな生態学的背景と進化の歴史を持つ原核生物ゲノムのコレクションが公開されている。このゲノムデータの大洪水は…
2018 10/13 コマンドエラー修正 2019 11/13 インストール手順訂正 2021 5/9 docker image追記 全ゲノムシーケンシング戦略およびアセンブリアプローチの進歩により、一連の配列を互いに比較する方法が必要となっている。共通のクエスチョンは、同じリードセ…
単離されたバクテリア株の迅速かつ正確な分類は、医療微生物学、特に全国的または全世界的な広がりの脅威を伴う感染症発症中の最も重要な課題である（論文より ref.1）。しかし、現在の分類方法はすべて、表現型の類似性や化学的性質に基づく方法のみならず…
2023/12/01 追記 ドットプロットは、2組のシーケンスを視覚的に比較するために一般的に使用される。それらは挿入、欠失、逆位またはリピートを容易に理解できる方法で提示する。可変の線の太さ、線の形または色を使用して類似点の差異を表すことができる。産…
2019 6/11追記 http://darlinglab.org/mauve/user-guide/reordering.html より。 インストール mac os 10.13でテストした。 mauveのHPからインストーラーをダウンロードする。 http://darlinglab.org/mauve/download.html ラン 1、起動したらメニューのTools…
2019 6/17 インストール追記 2020 5/15 help追加 2020 7/9 ローカルでの実行例記載 2021 5/13 v6について追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物（Natural products）は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分…
Preprintより 何千もの異なる生物のシーケンシング解析の過程で大量のデータが生成された（100K Pathogen Genome Project（Weimer el al、2017、NCBI Pathogen Detection（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pathogens） ）、これは迅速な分析方法を要求する。 …
ゲノムをMUMmerのnucmerコマンドで相互にアライメントさせた後、ドットプロット（wiki）形式で視覚化するためのツール。 本体 Github（python3.6） https://github.com/dnanexus/dot また、このリポジトリをcloneし、Webブラウザでindex.htmlファイルを開く…
2018 タイトル修正 2019 6/21 インストール追記、論文追記 2020 10/19 help更新、文章修正 ハイスループットDNAシーケンサーによって生成されたリードをリファレンスゲノムにマッピングすることは、根本的かつ広く研究されている課題である[Preprintより ref…
2020 8/9 論文追記 Visualizationは、現在のゲノム革命において、バリアント、発現パターン、進化による変化、および他の多くの関係を検査し、理解するために非常に重要な役割を果たす（Preprint ref.1~3）。しかし、構造変化可視化時のリードとリファレンス…
安価かつ迅速に大量のシーケンスを生成する能力は、生物、特にバクテリアのような比較的小さなゲノムを有する生物全体のゲノムを研究する能力を可能にした。計算生物学者は、歴史的に、少数のバクテリアゲノムを比較し、ヌクレオチド、遺伝子およびゲノムス…
2020 7/24 関連文献追記 Circos（Krzywinski et al、2009）（HP）は、ビジュアルデータを環状形式で表現するPerl言語ベースのツールである。ネイティブのCircosソフトウェアは、コマンドラインインターフェイス（CLI）を介して提供されている。ソフトウェア…
2019 4/12 dockerリンク追加 2021 3/25 condaインストール追記 BLASTが1990年に初めてpublishされたとき、公開されたアーカイブには5000万塩基以下の塩基配列しか存在しなかった[論文より ref.2]。現在では、1つのシーケンシング機器1回の実行で1兆塩基を超…
2019 5/15 リンク、condaインストール追加 2019 5/16 タイトル修正 2020 9/27 help更新 ハイスループットの全ゲノムショットガン（WGS）データセットの迅速な解析は、大きなサイズが生み出す複雑さのためにチャレンジングである（Schatz et al、2012）。 WGS…
DNAシークエンシングの主な用途は、試料の遺伝的構成を互いに比較して共通性を同定し、したがって関連性を検出するか、またはその差を利用して機能を解明することである。最初に、仮定された遺伝的系統および複製を確認するか、またはサンプルを家族、集団お…
2019 3/5 インストール追記、コマンドのわかりにくい部分を修正 2019 5/14 リンク追加 2019 5/27 docker追加、オプションヘルプ追加 2019 8/27 twitter追記 ハイスループットシーケンシングにより、新規ゲノムのシーケンシングが日常的に可能になっている。…
2018 9/1-9/6 アライメントワークフロー 2018 11/25 誤字修正 2019 6/9 show-tiling help追加 2019 6/12 dot plot表追加 2019 8/5 インストール追記 2019 11/12 bioconda link追加 MUMmer3 シーケンスアライメントパッケージ[mummer4論文より ref.1]の2004年…
ハイスループットシーケンシング（HTS）技術は多くの微生物学的問題に対処するための費用対効果の高い便利なアプローチとして浮上し、この分野を大きく変えている。完全なゲノム情報にアクセスすることは、微生物学における基礎研究に革命をもたらし、例えば…
最近、コンピュータ生命科学者たちは、利用可能なショットガンメタゲノミックデータセットの量が驚異的に増加するのを目の当たりにしている。データ分析の次元性を低下させるという課題は、メタゲノムの統計分析の第一の要求である。これには、分類学的およ…
全ゲノム重複（WGD）などの倍数性事象は、単一の生物体内に2つ以上のゲノムコピーを作成する。重複（サブゲノム）に由来するホモロガスな染色体の全セットは、遺伝子が相同染色体の1つからlossするfractionationと呼ばれる過程で遺伝子欠損を受ける（Langham…
デノボゲノムアセンブリは、ロングリードシーケンシングおよびマッピングの進歩により、大きなゲノム上でますます扱いやすくなってきており、生物の系統樹全体にわたるより高品質でより数の多いリファレンスがもたらされている（Lee et al、2014; Roberts et…
ゲノムアイランド（GIs）は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される（wiki）。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ（論文より ref.1,2）内のバクテリアおよびアーキアの適応度…
保存されたシンテニーは、共通のゲノムを共有することによって支持される遺伝子間の推測された相同性関係を指し、生物のすべての領域にわたって広く使用される測定法である（論文より Moreno-Hagelsieb et al, 2001; Engstrom et al, 2007; Heger Ponting 20…
Genome 10K Project（論文より ref.1）、 Bird 10,000 Genomes (B10K) Project（ref. 2）、i5k: Sequencing Five Thousand Arthropod Genomes Project（ref.3）など、様々な大規模ゲノムプロジェクトの成果とともに、様々な種から大量のゲノム配列が蓄積して…
Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block（wiki）で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…
SMASHは２つの相同なゲノム（染色体）を比較し、組み替えを見つけて結果をビジュアル出力できるツール。解析にはNGSのデータなどは必要としない。純粋にchromosomeの配列だけを使って相同性のある部位や組み替え部位が検出される。霊長類のような大きなゲノ…
