Githubより ほとんどのショートリードアライナーは、参照ゲノムに対するリードのローカルアライメントを行う。例として、bwa mem、minimap2、bowtie2などがある（--end-to-endモードの場合を除く）。つまり、リードの両端がベストアライメントに含まれていな…