渦鞭毛藻類は，サンゴやその他の無脊椎動物に不可欠な内共生生物である。渦鞭毛藻のゲノム構造と機能に関する情報は、サンゴの共生や白化現象を理解する上で非常に重要である。近年、シーケンシング技術の急速な発展に伴い、Symbiodiniaceaeの数種および多様な海洋藻類のゲノムドラフトアセンブリが公開されているが、複数の場所に分散している。著者らは、Symbiodiniaceae and Algal Genomic Resource Database (SAGER)を開発した。このデータベースは、MMETSPとPhyloDBデータベースに登録されているSymbiodiniaceae種と海産藻類の既存のゲノムデータを統合するための、使いやすいオンラインリポジトリである。藻類のデータも含まれているので、比較解析も容易である。このデータベースは、http://sampgr.org.cn で自由にアクセスできる。SAGERは、Symbiodiniaceae種の遺伝子情報を同定するための検索ツールや、海洋藻類や原生生物のオルソログを見つけるためのBLASTツールなど、遺伝子の機能、発現、比較ゲノミクスを研究するための包括的なツールを提供している。さらに、SAGERは、対応するSymbiodinaceae種の多様な培養条件から得られたトランスクリプトームデータセットを統合している。SAGERは、将来のSymbiodiniaceaeや藻類のゲノム・トランスクリプトームデータを取り込むことができるように開発されており、Symbiodiniaceaeやその他の海藻類の研究に便利なゲノム・分子ツールを提供するオープンアクセスで持続的なプラットフォームとしての役割を果たすだろう。
HPより
Symbiodiniaceaeは、そのほとんどが造礁サンゴをはじめとする多くの無脊椎動物の体内共生生物である。典型的な渦鞭毛藻（フォームIIルビスコ、ペリジニン、ヌクレオソームを持たない）であるSymbiodiniaceae科は、幅広いゲノムサイズ範囲の中では小さい方に位置しているが、それでも1Gbp以上の大きなゲノムを持っている。これらの内部共生生物が失われると、サンゴは白化や劣化に陥る。これらの生物がどのようにサンゴとの共生関係を築き、維持し、失っていくのかは、生態学上の重要な問題であり、非常に困難な課題である。これらの生物のゲノム構造と機能を解読し、他の藻類やサンゴのゲノム構造と比較することで、重要な手がかりを得ることができる。核酸配列決定技術の急速な発展に伴い、いくつかのSymbiodiniaceae種や多様な海洋藻類のゲノムドラフトアセンブリが公開されている。Symbiodiniceae and Algal Genomic Resource (SAGER)は、共生関連遺伝子、ストレス誘導遺伝子、白化関連遺伝子を同定し、それらのプロセスを支えるメカニズムを理解するために必要な比較分析を容易にするために構築されている。現在、Symbiodiniaceaeの6種（Clade A, B, C, F）のゲノムと、MMETSPおよびPhyloDBデータベースに登録されている多様な海洋藻類（原生生物）のトランスクリプトームが収録されている。このリソースは、注釈付き遺伝子を特定するためのキーワード検索ツール、配列データにアクセスするためのダウンロード機能、遺伝子マッピングや構造解析のための遺伝子ブラウザ、異なる藻類からのオルソログを見つけるためのBLASTツールなど、研究者が遺伝子の機能、発現、比較ゲノミクスを研究するための包括的なツールを提供している。
http://sampgr.org.cn/index.phpにアクセスする。
Search - キーワード検索
検索例。キーワードに該当する遺伝子のID、ゲノムとポジション、タンパク質機能の記述、NR、NT、 Swiss-Prot、KEGG、KOG、Pfam、GOのIDが表示される。
BLAST - データベースを指定してのBLAST検索。
左側のリストはNucleotide databases、右側のリストはProtein databases。
Genome Browser - オンラインのゲノムブラウザ
JBrowseが使われている。
RNA seqのデータを読み込める。
Download - ゲノムやアノテーション情報などをダウンロードできる。
引用
SAGER: a database of Symbiodiniaceae and Algal Genomic Resource
Liying Yu, Tangcheng Li, Ling Li, Xin Lin, Hongfei Li, Chichi Liu, Chentao Guo, Senjie Lin
Database (Oxford). 2020 Jan 1
