macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

RNAseqのDEGsを視覚化する DrEdGE

 

 Differential Expression Gene Explorer(DrEdGE)はウェブベースのツールで、インタラクティブなオンラインのデータビジュアライゼーションを簡単に作成できるようにgenomicists(*1)を案内する。 DrEdGEの機能を、公開されているデータセット(ヒトの神経組織、マウス胚組織、Caenorhabditis elegans全胚)から生成された3つのサンプルWebサイトで実証する。 DrEdGEは、独立した探査に対する技術的な障害を取り除くことにより、大規模なゲノムデータセットの有用性を高める。DrEdGEはhttp://dredge.bio.unc.eduにて無料で利用できる。

 

Github

 

WEBサービス

http://dredge.bio.unc.edu/にアクセスする。

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使用方法は動画で丁寧に説明されています。

 

webでは3つのデータセットが利用できる。

Human neuronal tissue

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Mouse embryonic tissue

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C. elegans timecourse

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ローカルで使うなら、HPからdredge-7.4.1.zipをダウンロードして解凍しておく。

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index.htmlファイルを開き、指示に従ってDrEdGEを設定する。 

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引用

Differential Expression Gene Explorer (DrEdGE): a tool for generating interactive online visualizations of gene expression datasets
Sophia C Tintori, Patrick Golden, Bob Goldstein
Bioinformatics, Published: 03 January 2020

 

*1 

genomicist; A scientist whose speciality is genomics.

 

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