macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

関連論文をネットワークに視覚化する CONNECTED PAPERS

 

 

Connected papersは、研究者や応用科学者が自分の研究分野に関連する論文を見つけて探索するのに役立つ、ユニークで視覚的なツールである。

論文のグラフは、その類似性に応じて配置される。つまり、直接引用し合っていない論文でも、強くつながりがあると、近い位置に配置される可能性がある。Connected papersの類似度指標は、Co-citation(共同引用)とBibliographic Coupling(文献結合)の概念に基づいている。この指標により、引用と参照が高度に重複している2つの論文は、関連する主題を扱う可能性が高いと推定される。次に、アルゴリズムによりForce Directed Graphを構築し、類似した論文を視覚的にクラスタリングし、類似度の低い論文を互いに遠ざけるような方法で論文を分散させる。ノードが選択されると、各ノードから元の論文までの最短経路を類似度空間で強調表示する。このデータベースは、Semantic Scholar Paper Corpus(ODC-BYライセンス)に接続されている。セマンティックスカラー論文コーパスのチームは、多くの科学分野で何億件もの論文を収集している。
 Connected Papersは、友人同士の週末のサイドプロジェクトとして始まった。自分たちの研究や開発のワークフローがどれだけ改善されたかを見て、友人や同僚からの使用要請が増えてきたので、サイエンスのために一般公開することを約束した。現在、Connected Papersは自己資金で運営されており、完全に無料である。他の人に価値をもたらし、科学技術の進歩につながることを願っている。

 


 

 

webサイト

Connected Papers | Find and explore academic papersにアクセスする。

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キーワードを入力する。

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論文が表示される。関連論文を視覚化する時のルートにする論文が見つかったら、右端にあるBuild a graphをクリック。

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DOIで検索することもできる。その場合はすぐにグラフが表示される。

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論文の関連性を視覚化したグラフが示された。

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論文は類似度に応じて配置されている。

 

グラフはマウスのホイールで拡大縮小できる。

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ノードの大きさは引用数で、ノードの色は出版年を表わしている。類似論文はより太いエッジで繋がれる。

 

ノードをクリックすると、右側に論文の詳細が表示される。SPAdes(Anton Bankevich rt al., 2012)の論文はExSPAnderの論文と強い繋がりがあった。

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Paper detailをクリックすると、セマンティックスカラー(Allen Institute)の該当論文ページにジャンプする。

 

 

感想

CONNECTED PAPERSを使う事で、今まで気付かなかった関連性の高い論文が見つかるかもしれませんね。試してみて下さい。

引用

https://www.connectedpapers.com/about

 

 

 参考


備考

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