macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

シーケンシング技術と解析フローチャートを学ぶためのナリッジベース SequencEnG

 

 次世代シークエンシング(NGS)技術は、ゲノムおよびエピゲノムプロファイルを生成するための強力な方法を提供することで、生物医学研究に革命をもたらしている。この急速な進歩により、学生や研究者にとって、利用可能な数多くの方法を熟知しておくことが喫緊の課題となっている。私たち(著者ら)は、66 種類の異なるシーケンシング技術と、一般的なツールを比較したステップバイステップの NGS データ解析パイプラインのツリー構造化された知識ベースを提供するために、Sequencing Techniques Engine for Genomics (SequencEnG) と呼ばれるインタラクティブなオンライン教育リソースを開発した。SequencEnG は、現在の NGS 技術をバリアフリーで学習できるように設計されており、実験方法や解析方法を検索するためのユーザーフレンドリーなインターフェースを提供している。SequencEnG はプロジェクト Knowledge Engine for Genomics (KnowEnG) の一部であり、http://education.knoweng.org/sequenceng/ で自由に利用できる。

 

Github

 

webサービス

http://education.knoweng.org/sequenceng/index.htmlにアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20200413200130p:plain

 

シーケンシング技術のツリー構造になっている。大分類はDNA、RNA、Epigeneticsの3つ。

f:id:kazumaxneo:20200413200850p:plain

  

DNAのWGSをクリックしてみる。

f:id:kazumaxneo:20200413201528p:plain

 

右の余白にシーケンシング技術の解説が表示される。

f:id:kazumaxneo:20200413201431p:plain

ハイパーリンクも表示される。原著論文や該当するデータベースへのリンクになる。

 

さらに標準的なライブラリ作成手順も示される。

f:id:kazumaxneo:20200413201434p:plain

 

Analysis Pipelineをクリックすると、シーケンスデータが出た後の標準的なドライの解析手順が表示される。このフローチャートはGATK best practiceに基づいたものになる。

f:id:kazumaxneo:20200413201438p:plain

 

ボックスをクリックする事で詳細な手順のボックスが展開されていく。

f:id:kazumaxneo:20200413202342p:plain

 

 

ページ下に該当する処理を行うことが可能なツールが表示される。ツールごとの特徴、利点などがまとめられる。

f:id:kazumaxneo:20200413202511p:plain

代表的なツールが複数ある場合はリスト表示される。RCRはツールの正規化された引用率に基づくランキングスコアになる(pubmed)。

 

Hi-C

f:id:kazumaxneo:20200413210802p:plain

 

 

Drop-seq

f:id:kazumaxneo:20200413210912p:plain

 

 

RNA-seq flowchart

f:id:kazumaxneo:20200413211117p:plain

 

引用

SequencEnG: an interactive knowledge base of sequencing techniques
Yi Zhang, Mohith Manjunath, Yeonsung Kim, Joerg Heintz, Jun S Song
Bioinformatics, Volume 35, Issue 8, 15 April 2019, Pages 1438–1440