macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

指定したCOG近傍の遺伝子を視覚化するwebサービス COGNAT

2020 2/27 コメント追加

 

 原核生物のゲノムでは、機能的に結合した遺伝子を保存された遺伝子クラスターに組織化して、それらの協調的な調節を可能にしている。このようなクラスターには、1つまたは複数のオペロンが含まれる可能性がある。これは、同時転写される遺伝子のグループである。種分化によって共通の祖先遺伝子から進化した遺伝子(つまり、オーソログ)は、異なる生物で同様にゲノム近傍になる事が期待されるが、異なる機能(すなわち、パラログ)に関与する遺伝子のコピーは、異なるゲノムコンテキストで見つかり得る。ゲノム近傍の比較分析は、共制御された遺伝子の予測を容易にし、大きなタンパク質ファミリーのさまざまな機能を識別するのに役立つ。

 ここでは、ゲノム近傍の比較分析用のWebサーバーであるCOmparative Gene Neighborhoods Analysis Tool(COGNAT)を紹介する。このツールは、COGデータベースとPfamタンパク質ファミリーデータベースに基づいている。例として、NADHの膜サブユニットの1つのパラログによって形成される新しいタイプの膜タンパク質複合体の同定におけるCOGNATの有用性を示す。

  

webサービス

https://depo.msu.ru/module/cognatにアクセスする。

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COGのIDを入力する。COGのIDはNCBIのCOG databaseから検索する(link)。

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該当するCOGを持つ遺伝子配列が視覚化された。いくつかの種で、青の遺伝子が上流側、または下流側に隣接して存在している(ここではデフォルト設定の存在率20%以上に指定)。

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結果は右上のPDFからダウンロードできる。種名が見えないときはダウンロードすると見えます。

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コメント

STRINGデータベースのGENE NEIGHBORHOODSでも検索できます。

タンパク質検索結果のViewers => Neighborhoodをクリック。

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確認したい分類系統を展開する。

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引用

COGNAT: a web server for comparative analysis of genomic neighborhoods.

Klimchuk OI, Konovalov KA, Perekhvatov VV, Skulachev KV, Dibrova DV, Mulkidjanian AY

Biol Direct. 2017 Nov 22;12(1):26

 

参考

COG 分類を考慮した 遺伝子発現プロファイルデータの ...ipsj.ixsq.nii.ac.jp › ...