バクテリアゲノムの自動アセンブリ、アノテーション付けツール asqcan

asqcanは、細菌ゲノム配列の自動アセンブリ、品質管理、アノテーション付けのためのワークフローパイプラインである。最新のバクテリアシーケンシングプロジェクトには、かなりの数の単離株が含まれる場合があり、必要なQCとアノテーションの作成、実行に時間がかかる場合がある。 asqcanパイプラインは、これを可能な限り自動化しようと試みる。 asqcanの現在の手順は次の通りである。

FastQCによる生のシーケンシングリードの品質分析
SPAdesを使用したゲノムアセンブリ
quastを使用したアセンブリ品質分析
blobtoolsによるアセンブリの汚染と品質の分析
prokkaを使用したアセンブリのアノテーション

asqcanが完了すると、パイプライン各ステップの成功または失敗に関するレポートが生成される。成功したステップは、後続で再実行はされない。

インストール

依存が多いため、dockerを使い、ubuntu18.04のpython2.7環境でテストした（ホストmacos10.14）。

依存

python (2.7)
GNU parallel (>=20170422)
FastQC (>=0.11.7)
spades (>=3.11.1)
quast (>=4.6.3)
blobtools (>=1.0)
blast (>=2.7.1)
prokka (>=1.13)

本体　Github

#condaで導入可能 （bioconda link)
conda create -n asqcan -c bioconda -y asqcan python=2.7
conda activate asqcan

#pipの場合
pip install git+https://github.com/bogemad/asqcan.git

> asqcan -h

# asqcan -h

usage: asqcan [-h] -q READS_DIR -o OUTDIR [-b DB] [-t THREADS] [-m MEM] [-f]

[--version] [-v]

asqcan - A combined pipeline for bacterial genome ASsembly, Quality Control,

and ANnotation.

required arguments:

-q READS_DIR, --fastq-dir READS_DIR

Path to a directory with your interleaved fastq files.

-o OUTDIR, --output-directory OUTDIR

Path to the output directory. A directory will be

created if one does not exist.

optional arguments:

-h, --help show this help message and exit

-b DB, --blast_database DB

Path to the local nt blast database. This pipeline

does not require you to have a local copy of the nt

database but without it you will not be able to use

similarity data for blobtools. Similarity data adds

significantly to the blobplot and blobtools table

outputs of this pipeline. See https://blast.ncbi.nlm.n

ih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=

Download to install a local nt database.

-t THREADS, --threads THREADS

Number of threads to use for multiprocessing.

-m MEM, --max_memory MEM

Maximum amount of RAM to assign to the pipeline in GB

(Just the number).

-f, --force Overwrite files in the output directories.

--version show program's version number and exit

-v, --verbose Increase verbosity on command line output (n.b.

verbose output is always saved to asqcan.log in the

output directory).

実行方法

各菌のinterleave fastqを含むディレクトリと、準備したblastデータベースを指定する。blastデータベースを指定しない場合、local blastは実行されない。

asqcan -q fastq_dir/ -o output -b blast_database

-q Path to a directory with your interleaved fastq

引用

GitHub - bogemad/asqcan: Pipeline for bacterial genome assembly, quality control and annotation

blast databaesのダウンロード

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

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