タイトルの通りのツール。開発の動機はGithubのREADME参照。
インストール
macos10.14のPython 3.7環境でテストした。
- 本体 Github
#bioconda (link)
conda install -c bioconda -y fastq-scan
> fastq-scan -h
$ fastq-scan -h
Usage: cat FASTQ | fastq-scan [options]
Version: 0.4.1
Optional arguments:
-g INT Genome size for calculating estimated sequencing coverage. (Default 1)
-p INT ASCII offset for input quality scores, can be 33 or 64. (Default 33)
-v Print version information and exit
-h Show this message and exit
実行方法
fastqを指定する。ゲノムサイズも指定すればカバレッジ情報も出力される。ゲノムサイズ5Mbなら
cat input.fq | fastq-scan -g 5000000 > out.json
#gzipped fatq
zcat input.fq.gz | fastq-scan 5000000 > out.json
ターミナルで確認する。ここではJavaScriptの処理ツールfxで確認する。
#fxのインストール(github)
npm install -g fx
#viewする
fx out.json
=>で展開。
オンラインビューアやツールも色々利用できる。
JSON Editor
引用
https://github.com/rpetit3/fastq-scan