macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

RNA seqのクオリティメトリクスを提供する RNA-SeQC

 

 RNA-seqは、細胞のトランスクリプトーム全体の特性評価を提供する。シーケンスのパフォーマンスとライブラリの品質の評価は、RNA-seqデータの解釈に不可欠だが、この問題に対処するツールはほとんない(論文執筆時点)。ここではデータ品質の重要な指標を提供するプログラムであるRNA-SeQCを紹介する。これらのメトリックには、歩留まり、アラインメント、duplicationの割合、GCバイアス、rRNAコンテンツ、アラインメント領域(エクソンイントロン、遺伝子内)、カバレッジの連続性、3 '/ 5'バイアス、検出可能な転写産物の数などが含まれる。このソフトウェアは、ライブラリ構築プロトコル、入力マテリアル、その他の実験パラメーターのマルチサンプル評価を提供する。ソフトウェアのモジュール性により、パイプラインの統合と、アラインできるリード数、duplication率、rRNA汚染などのデータ品質の主要な測定値の定期的な監視が可能になる。 RNA-SeQCにより、研究者は下流の分析にサンプルを含めるかどうかについて十分な情報に基づいた決定を下すことができる。要約すると、RNA-SeQCは、実験の設計、プロセスの最適化、および下流のコンピューター解析に不可欠な品質管理手段を提供する。

 

HP

https://software.broadinstitute.org/cancer/cga/rna-seqc

 


インストール

The latest stable build of RNA-SeQC is available on the GitHub Releases page, and contains static binaries for Linux and OSX.

依存

  • openjdk 7

本体 Github

#bioconda (link)
conda install -c bioconda -y rna-seqc

rnaseqc

$ rnaseqc 

  rnaseqc [gtf] [bam] [output] {OPTIONS}

 

    RNASeQC 2.3.4

 

  OPTIONS:

 

      -h, --help                        Display this message and quit

      --version                         Display the version and quit

      gtf                               The input GTF file containing features

                                        to check the bam against

      bam                               The input SAM/BAM file containing reads

                                        to process

      output                            Output directory

      -s[sample], --sample=[sample]     The name of the current sample. Default:

                                        The bam's filename

      --bed=[BEDFILE]                   Optional input BED file containing

                                        non-overlapping exons used for fragment

                                        size calculations

      --fasta=[fasta]                   Optional input FASTA/FASTQ file

                                        containing the reference sequence used

                                        for parsing CRAM files

      --chimeric-distance=[DISTANCE]    Set the maximum accepted distance

                                        between read mates. Mates beyond this

                                        distance will be counted as chimeric

                                        pairs. Default: 2000000 [bp]

      --fragment-samples=[SAMPLES]      Set the number of samples to take when

                                        computing fragment sizes. Requires the

                                        --bed argument. Default: 1000000

      -q[QUALITY],

      --mapping-quality=[QUALITY]       Set the lower bound on read quality for

                                        exon coverage counting. Reads below this

                                        number are excluded from coverage

                                        metrics. Default: 255

      --base-mismatch=[MISMATCHES]      Set the maximum number of allowed

                                        mismatches between a read and the

                                        reference sequence. Reads with more than

                                        this number of mismatches are excluded

                                        from coverage metrics. Default: 6

      --offset=[OFFSET]                 Set the offset into the gene for the 3'

                                        and 5' windows in bias calculation. A

                                        positive value shifts the 3' and 5'

                                        windows towards eachother, while a

                                        negative value shifts them apart.

                                        Default: 150 [bp]

      --window-size=[SIZE]              Set the size of the 3' and 5' windows in

                                        bias calculation. Default: 100 [bp]

      --gene-length=[LENGTH]            Set the minimum size of a gene for bias

                                        calculation. Genes below this size are

                                        ignored in the calculation. Default: 600

                                        [bp]

      --legacy                          Use legacy counting rules. Gene and exon

                                        counts match output of RNA-SeQC 1.1.9

      --stranded=[stranded]             Use strand-specific metrics. Only

                                        features on the same strand of a read

                                        will be considered. Allowed values are

                                        'RF', 'rf', 'FR', and 'fr'

      -v, --verbose                     Give some feedback about what's going

                                        on. Supply this argument twice for

                                        progress updates while parsing the bam

      -t[TAG...], --tag=[TAG...]        Filter out reads with the specified tag.

      --chimeric-tag=[TAG]              Reads maked with the specified tag will

                                        be labeled as Chimeric. Defaults to 'mC'

                                        for STAR

      --exclude-chimeric                Exclude chimeric reads from the read

                                        counts

      -u, --unpaired                    Treat all reads as unpaired, ignoring

                                        filters which require properly paired

                                        reads

      --rpkm                            Output gene RPKM values instead of TPMs

      --coverage                        If this flag is provided, coverage

                                        statistics for each transcript will be

                                        written to a table. Otherwise, only

                                        summary coverage statistics are

                                        generated and added to the metrics table

      --coverage-mask=[SIZE]            Sets how many bases at both ends of a

                                        transcript are masked out when computing

                                        per-base exon coverage. Default: 500bp

      -d[threshold],

      --detection-threshold=[threshold] Number of counts on a gene to consider

                                        the gene 'detected'. Additionally, genes

                                        below this limit are excluded from 3'

                                        bias computation. Default: 5 reads

      "--" can be used to terminate flag options and force all following

      arguments to be treated as positional options

 

 

Argument validation error: No GTF file provided

 

テストラン

rnaseqc [gtf] [bam] [output] {OPTIONS}の順で指定する。

git clone --recursive https://github.com/broadinstitute/rnaseqc.git
cd rnaseqc/
rnaseqc test_data/downsampled.gtf test_data/downsampled.bam --bed test_data/downsampled.bed --coverage .
  • <gtf>          The input GTF file containing features.
  • <bam      The input SAM/BAM file containing reads to process.
  • <output   Output directory.

大きめのテストファイルはそのままではgit cloneされません。直接githubからダウンロードするかGit LFS をインストールしてから実行してください。 

出力

f:id:kazumaxneo:20191204010302p:plain

引用

RNA-SeQC: RNA-seq metrics for quality control and process optimization
David S. DeLuca,* Joshua Z. Levin, Andrey Sivachenko, Timothy Fennell, Marc-Danie Nazaire, Chris Williams, Michael Reich, Wendy Winckler, Gad Getz

Bioinformatics. 2012 Jun 1; 28(11): 1530–1532

 

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