macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

 

 系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログラムを透過的にチェーンする。主にphylogenyの経験のない生物学者向けに設計されているが、専門家のニーズにも対応できる。最初のものは、phylogenyパイプラインにチェーンされた最新のツールを見つけて、シンプルかつ堅牢な方法でデータを分析し、専門家は洗練された分析を簡単に構築して実行できる。 Phylogeny.frには3つの主要なモードがある。 「ワンクリック」モードは、非専門家を対象とし、精度と速度を備えたすぐに使用できるパイプラインチェーンプログラムを提供する: MUSCLE for multiple alignment、PhyML for tree building、TreeDyn for tree rendering。すべてのパラメータはほとんどの研究に適合するように設定されており、ユーザーは入力シーケンスを入力するだけですぐにプリントできるツリーを取得できる。 「詳細」モードでは同じパイプラインが使用されるが、ユーザーが各プログラムのパラメーターをカスタマイズできる。 「アラカルト」モードは、ユーザーが特定のニーズに合わせてツールの幅広い選択肢から必要なステップを選択および設定することにより、独自のパイプラインを構築できるため、柔軟性と洗練性が向上する。phylogenetic analysisの前に、ユーザーは、一般的なデータベースまたは特殊なデータベースでBLASTを実行することにより、クエリシーケンスの近傍を収集することもできる。次に、ガイドツリーは、phylogeneticパイプラインの入力として使用される隣接シーケンスを選択するのに役立つ。 Phylogeny.frは、http://www.phylogeny.fr/で入手できる。

 

使用されているソフトウェアのダウンロード

http://www.phylogeny.fr/downloads.cgi

Documentation(FASTA、EMBL、またはNEXUSなどのフォーマットの解説、各ツールのフォーマット対応状況のテーブルもあり)

http://www.phylogeny.fr/documentation.cgi

 

使い方

http://www.phylogeny.fr/phylogeny.cgiにアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20191123022635p:plain

 

ここではone clickモードの流れを確認する。

f:id:kazumaxneo:20191123022834p:plain

 

FASTA、EMBL、またはNEXUSフォーマットの配列ファイルをアップロードする。

f:id:kazumaxneo:20191123022818p:plain 

テストデータをロードした。

f:id:kazumaxneo:20191123023047p:plain

alignのタブではマルチプルシーケンスアラインメントの結果を確認でき、結果をfasta format、Phylip format、Clustal formatのいずれかでダウンロードできる。

 

Gblocksプログラムを使用して、アラインメントがpoorな領域や分岐した領域を排除する。

f:id:kazumaxneo:20191123024552p:plain

 

PhyMLを使ったphylogenetic reconstruction。Newick formatでダウンロードできる。

f:id:kazumaxneo:20191123025405p:plain

 

系統樹レンダリング

f:id:kazumaxneo:20191123023019p:plain

 

ツリーはその場で編集できる。

f:id:kazumaxneo:20191123025900p:plain

 

引用
Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist

Dereeper A, Guignon V, Blanc G, Audic S, Buffet S, Chevenet F, Dufayard JF, Guindon S, Lefort V, Lescot M, Claverie JM, Gascuel O

Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;36(Web Server issue):W465-9

 

関連