macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

 

遺伝子のエクソンイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者アノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambaldi and Ciccarelli、2009)、GECA(Fawal et al、2012)、FeatureStack(Frech et al、2012)、GSDraw(Wang et al、2013)、GPViz(Snajder et al、2013)、およびGenePainter(Hammesfahr et al、2013)を含むいくつかのWebサーバー/ソフトウェアが開発された。本著者らは、シーケンス、GenBankのアクセッション番号(Benson et al。、2013 )およびエクソンの位置からpublicationに適した高品質の図を生成するように設計されたGSDSを発表した。 GSDSは、毎年100万件以上のヒットがあり、機能的研究(Ye et al、2009; Wang et al、2010)および進化研究(Hu et al、2010; Yin et al、2009; Yu et al、2009)の世界中の科学者によって広く使用されている。

 GSDSユーザーからのフィードバックを受け、アップグレードされたGSDS 2.0を開発した。前のバージョンと比較して、GSDS 2.0は2つのより広く使用されているアノテーション形式をサポートし、アノテーションファイルのより包括的なサポートを提供する。生物学者がpublicationに適した図を作成できるように、GSDS 2.0は強力なインタラクティブインターフェイスを提供する。ユーザーは、最初のレンダリング後にアノテーション機能のサイズ、形状、色をカスタマイズしたり、統合されたビジュアルエディターで各要素を微調整することもできる。進化分析を容易にするために、ユーザー指定の系統樹を図に追加できる。最後に、生成された図は、ベクターグラフィック(SVGおよびPDF形式)またはラスターグラフィック(PNG形式)としてエクスポートできる。

 

HP

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php

help(下にlocal版のダウンロードリンクあり)

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/Gsds_help.php

 


使い方

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.phpにアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20191119235132p:plain

右上からmirrorサイトも利用できます。


入力ファイルはBED5 format、GTF、GFF3に対応している。

BED5なら

geneID/transcriptID start end featureType phase(optional)

になる。詳細はhelp参照。

 

f:id:kazumaxneo:20191119235453p:plain

exampleデータを読み込んだ。exonic region (CDS) を1行ずつ記載する。

 

GenBankならaccession numberを指定するだけで良い(登録済みのデータに限られる)。

f:id:kazumaxneo:20191120001144p:plain


GTF/GFF3

f:id:kazumaxneo:20191120001525p:plain

 

outputを押して実行する。

f:id:kazumaxneo:20191120001705p:plain

 

boxやintronの線の太さ、色は下のパネルから変更できる。パラメータ変更後、redrawボタンをクリックして再描画する。

f:id:kazumaxneo:20191120002703p:plain

 

結果はPNGSVG、PDFでexportできる。

f:id:kazumaxneo:20191120002811p:plain

 

Edit figure~ボタンを押すとオンラインで編集できる。

f:id:kazumaxneo:20191120003021p:plain

 

ラン時にNewick formatのファイルも指定していると、系統樹を組み合わせた図を作ることができる。

f:id:kazumaxneo:20191120003713p:plain

引用
GSDS 2.0: an upgraded gene feature visualization server

Hu B, Jin J, Guo AY, Zhang H, Luo J, Gao G

Bioinformatics. 2015 Apr 15;31(8):1296-7

 

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