macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

publication品質の近傍遺伝子描画webサービス Gene Graphics

 

 遺伝子近傍の検査は比較ゲノミクスの不可欠な部分だが、遺伝子クラスターのpublication品質のグラフィックスを作成するツールはない。 Gene Graphicsは、このようなビジュアルを作成するための簡単なWebアプリケーションである。サポートされている入力には、National Center for Biotechnology Information遺伝子およびタンパク質識別子が含まれ、近隣情報、GenBankファイル、およびSEEDデータベースから抽出されたデータを自動的に取得する。遺伝子およびゲノムの名前、色、サイズなど、遺伝子表現は多くのパラメーターに合わせてカスタマイズできる。種間の相同な遺伝子の迅速かつユーザーフレンドリーなカスタマイズのために、遺伝子属性をコピーして貼り付けることができる。ポータブルネットワークグラフィックスとスケーラブルベクターグラフィックスに加えて、生成された表現は、タグ付けされた画像ファイル形式またはカプセル化されたPostScript、公開の標準形式としてエクスポートできる。実践的なチュートリアルがトレーニングに利用できる。

 

 

Tutorials

https://katlabs.cc/genegraphics/tutorials

 

 

使い方

https://katlabs.cc/genegraphics/descriptionにアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20191116013313p:plain

 

読み込むデータを指定する。ここではFetch from NCBIを選ぶ。

f:id:kazumaxneo:20191116013736p:plain

Gene ID identifierを指定するウィンドウが出現する。

f:id:kazumaxneo:20191116013739p:plain

 

ここではチュートリアルと同じGenBank ID: CP001682.1(link)の5 ORFを描画する。

Organism nameをGenome locationに切り替え、Cryptobacterium curtum DSM 15641とタイプ。

f:id:kazumaxneo:20191116014900p:plain

対応するゲノムが表示されたので、こちらをクリックして選択。

 

1429479 から 1436151までを描画する。数値を入力してSubmitする。

f:id:kazumaxneo:20191116014843p:plain

描画された。

f:id:kazumaxneo:20191116015224p:plain

 

文字がORFのboxからはみ出てしまっているので、サイズを変更する。Graph settings => size settigsを選ぶ。f:id:kazumaxneo:20191116015903p:plain

 

横1500px、縦40pxとした。

f:id:kazumaxneo:20191116015904p:plain

修正された。

f:id:kazumaxneo:20191116024559p:plain

 

もう1つ追加する。Search byでProtein IDを選び、ID: ABI68735.1を追加する。

f:id:kazumaxneo:20191116023209p:plain

合計5000 bpのORFを含む領域が取り込まれる。

 

ORFをクリックすると、ORF毎の個別編集ができる。ここではORFの表記を下にずらす。

f:id:kazumaxneo:20191116023549p:plain

Swol_1427を下にずらした。

f:id:kazumaxneo:20191116023553p:plain

さらにもう1つ追加する。今度はSearch byでGene symbol~を選ぶ。Gene symbolはduf208、OrgansimはEggerthellaとタイプし、~DSM2243を選択した。

f:id:kazumaxneo:20191116024401p:plain

追加された。

f:id:kazumaxneo:20191116024955p:plain

 

IDから遺伝子名に変更。

f:id:kazumaxneo:20191116025152p:plain

Graph Settings => Gene shape => arrow on

f:id:kazumaxneo:20191116025904p:plain

 

Label Settings  =>Gene labels

一括で中央配置に変更。

f:id:kazumaxneo:20191116030105p:plain


図はExportから指定フォーマットで出力できる。

f:id:kazumaxneo:20191116030438p:plain

 


チュートリアル1では、この他にも相同なタンパク質をコードするORFの色を揃える説明などがあります。チュートリアル2-3はより実践的な内容になっています。

https://katlabs.cc/genegraphics/tutorials
引用
Gene Graphics: a genomic neighborhood data visualization web application
Katherine J Harrison, Valérie de Crécy-Lagard, Rémi Zallot

Bioinformatics. 2018 Apr 15; 34(8): 1406–1408.