macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

(ヒトとマウス向け)VCFのアノテーションを行う Jannovar

 

 全ゲノムシーケンス(WES)は、ヒトゲノムのタンパク質コーディングエクソンのターゲットシーケンスであり、新しいメンデル遺伝病遺伝子を特定するための強力で費用対効果の高い方法であり、診断環境でもますます使用されている[Bamshad et al 、2011; Robinson et al、2011; Shendure、2011; Choi et al、2012]。 2005年に次世代シーケンス(NGS)が導入されて以来[Margulies et al、2005; Shendure et al、2005]および2010年のWESによるメンデル病遺伝子の最初の同定[Ng et al、2010]、WESにより同定された100以上の新規疾患遺伝子が発表された[Rabbani et al、2012]。現在、WESのコストは1,000米ドルを下回り、急速に低下しているため、ヒトの遺伝学およびその他の医学分野の研究および臨床診断にWESを使用する新しい時代に突入している。

 WESデータの生成は急速に容易かつ安価になっているが、これらのデータの分析と解釈は依然として課題である。使用するターゲット領域とキャプチャ技術の定義に応じて、典型的なWES実験で20,000を超えるバリアントが識別される[Ng et al、2009]。rawシーケンシングリードからのバリアントの同定には、リードのリファレンスゲノムへのマッピングや、1つ以上のアルゴリズムを使用したバリアントコールなど、多くの処理ステップが含まれる。この分析の結果はVariant Call Format(VCF)ファイルに保存される。このファイルには、特定された各バリアントの染色体位置、リードデプス、クオリティ、およびその他のメタデータに関する情報が含まれている[Danecek et al、2011]。このデータの解釈における重要なステップは、遺伝子および転写産物に対する潜在的な影響に関するこれらのバリアントのアノテーションである。つまり、染色体座標を反映するVCFファイルのバリアントを変換する(例、chr11:g.1857751C>G)、遺伝子ベースのバリアントアノテーションを行う(例:c.655C>G:p.P219A in the gene SYT8)。ほとんどの生物学的または医学的解釈は、遺伝子産物に対するバリアントの潜在的な影響を評価しようとする。

 ANCF [Wang et al、2010]、クラウドコンピューティングフレームワークVAT [Habegger et al、2012]、Variant Effect PredictorなどVCFファイルおよびその他のソースからのゲノムバリエーションにアノテーションを付けるための多くのツールが開発されている。ただし、これらのツールは血統分析を実行するように設計されておらず、多くは5 'または3'非翻訳領域(UTR)のバリアントなどの特定のクラスのバリアントに正確なアノテーションを提供せず、ソフトウェアライブラリとして使用できない。 Jannovarは、高度なエクソームシーケンスソフトウェアパイプラインのバリアントアノテーションおよび血統分析のための柔軟で十分にテストされたソフトウェアライブラリのニーズを満たすために開発され、さらにVCFのアノテーションのための迅速で使いやすいスタンドアロンJavaプログラムを提供する。 JannovarはJavaプログラミング言語で作成されており、開発者はバリアントの解釈、視覚化、優先順位付け、および関連タスクのプログラムのコンポーネントとして使用できる。 Jannovarは、カリフォルニア大学サンタクルーズUCSC)ゲノムブラウザ[Meyer et al、2013]、NCBI RefSeq [Pruitt et al、2012]、またはEnsembl [Flicek et al、2013]データからトランスクリプト定義ファイルを作成する。迅速で信頼性の高いインターバルツリーベースのアルゴリズムを使用して、バリアントの影響を受ける転写産物を検索し、エキソン変異と5 'および3' UTRにある変異および非コードRNA変異のHuman Gene Variation Society(HGVS; Antonarakis、1998)compliant variant nomenclature を生成する。

  Jannovarのソースコードは、GitHubリポジトリhttps://github.com/charite/jannovarから入手できる。プリコンパイルされたバージョン(Jannovar.jar)は、詳細なチュートリアルと共に、http://compbio.charite.deのホームページから入手できる。 Jannovarは、スタンドアロンアプリケーションとして使用する場合、エクソームまたはゲノムシーケンスからのVCFファイルのHGVS準拠の高速アノテーションを提供し、継承モードに従ってバリアントをフィルタリングできる。さらに、Jannovarは、エクソームフィルタリングのプログラムまたはパイプライン内でJavaプログラミングライブラリとして使用できる。(以下略)

 

 

インストール

依存

本体 Github

#bioconda (link) 
conda install -c bioconda -y jannovar-cli

jannovar

$ jannovar

usage: jannovar-cli [-h] [--version] {annotate-pos,annotate-csv,annotate-vcf,db-list,download,statistics,rest-server,hgvs-to-vcf} ...

jannovar-cli: error: too few arguments

(base) kamisakakazumanoMac-mini:deletion kazu$ jannovar -h

usage: jannovar-cli [-h] [--version] {annotate-pos,annotate-csv,annotate-vcf,db-list,download,statistics,rest-server,hgvs-to-vcf} ...

 

Jannovar CLI performs a series of VCF annotation tasks, including predicted molecular impact of variants and annotation of compatible Mendelian inheritance.

 

positional arguments:

  {annotate-pos,annotate-csv,annotate-vcf,db-list,download,statistics,rest-server,hgvs-to-vcf}

    annotate-pos         annotate genomic changes given on the command line

    annotate-csv         Annotate a csv file

    annotate-vcf         annotate VCF files

    db-list              list databases available for download

    download             download transcript databases

    statistics           compute statistics about VCF file

    rest-server          start REST server

    hgvs-to-vcf          project transcript-level to chromosome-level changes

 

optional arguments:

  -h, --help             show this help message and exit

  --version              Show Jannovar version

 

You can find out more at http://jannovar.rtfd.org

jannovar annotate-vcf -h

$ jannovar annotate-vcf -h

usage: jannovar-cli annotate-vcf [-h] -i INPUT_VCF -o OUTPUT_VCF -d DATABASE [--interval INTERVAL] [--pedigree-file PEDIGREE_FILE] [--annotate-as-singleton-pedigree] [--ref-fasta REF_FASTA] [--dbsnp-vcf DBSNP_VCF] [--dbsnp-prefix DBSNP_PREFIX]

                    [--exac-vcf EXAC_VCF] [--exac-prefix EXAC_PREFIX] [--gnomad-exomes-vcf GNOMAD_EXOMES_VCF] [--gnomad-exomes-prefix GNOMAD_EXOMES_PREFIX] [--gnomad-genomes-vcf GNOMAD_GENOMES_VCF]

                    [--gnomad-genomes-prefix GNOMAD_GENOMES_PREFIX] [--uk10k-vcf UK10K_VCF] [--uk10k-prefix UK10K_PREFIX] [--g1k-vcf G1K_VCF] [--g1k-prefix G1K_PREFIX] [--clinvar-vcf CLINVAR_VCF] [--clinvar-prefix CLINVAR_PREFIX]

                    [--cosmic-vcf COSMIC_VCF] [--cosmic-prefix COSMIC_PREFIX] [--one-parent-gt-filtered-filters-affected] [--inheritance-anno-use-filters] [--dbnsfp-tsv DBNSFP_TSV] [--dbnsfp-col-contig DBNSFP_COL_CONTIG]

                    [--dbnsfp-col-position DBNSFP_COL_POSITION] [--dbnsfp-prefix DBNSFP_PREFIX] [--dbnsfp-columns DBNSFP_COLUMNS] [--bed-annotation BED_ANNOTATION] [--vcf-annotation VCF_ANNOTATION] [--tsv-annotation TSV_ANNOTATION]

                    [--use-threshold-filters] [--gt-thresh-filt-min-cov-het GT_THRESH_FILT_MIN_COV_HET] [--gt-thresh-filt-min-cov-hom-alt GT_THRESH_FILT_MIN_COV_HOM_ALT] [--gt-thresh-filt-max-cov GT_THRESH_FILT_MAX_COV]

                    [--gt-thresh-filt-min-gq GT_THRESH_FILT_MIN_GQ] [--gt-thresh-filt-min-aaf-het GT_THRESH_FILT_MIN_AAF_HET] [--gt-thresh-filt-max-aaf-het GT_THRESH_FILT_MAX_AAF_HET]

                    [--gt-thresh-filt-min-aaf-hom-alt GT_THRESH_FILT_MIN_AAF_HOM_ALT] [--gt-thresh-filt-max-aaf-hom-ref GT_THRESH_FILT_MAX_AAF_HOM_REF] [--var-thresh-max-allele-freq-ad VAR_THRESH_MAX_ALLELE_FREQ_AD]

                    [--var-thresh-max-allele-freq-ar VAR_THRESH_MAX_ALLELE_FREQ_AR] [--var-thresh-max-hom-alt-exac VAR_THRESH_MAX_HOM_ALT_EXAC] [--var-thresh-max-hom-alt-g1k VAR_THRESH_MAX_HOM_ALT_G1K] [--use-advanced-pedigree-filters]

                    [--de-novo-max-parent-ad2 DE_NOVO_MAX_PARENT_AD2] [--enable-off-target-filter] [--utr-is-off-target] [--intronic-splice-is-off-target] [--no-escape-ann-field] [--show-all] [--no-3-prime-shifting] [--3-letter-amino-acids]

                    [--disable-parent-gt-is-filtered] [--version] [--report-no-progress] [-v] [-vv] [--http-proxy HTTP_PROXY] [--https-proxy HTTPS_PROXY] [--ftp-proxy FTP_PROXY]

 

Perform annotation of a single VCF file

 

optional arguments:

  -h, --help             show this help message and exit

  --version              Show Jannovar version

 

Required arguments:

  -i INPUT_VCF, --input-vcf INPUT_VCF

                         Path to input VCF file

  -o OUTPUT_VCF, --output-vcf OUTPUT_VCF

                         Path to output VCF file

  -d DATABASE, --database DATABASE

                         Path to database .ser file

  --interval INTERVAL    Interval with regions to annotate (optional)

 

Annotation Arguments (optional):

  --pedigree-file PEDIGREE_FILE

                         Pedigree file to use for Mendelian inheritance annotation

  --annotate-as-singleton-pedigree

                         Annotate VCF file with single individual as singleton pedigree (singleton assumed to be affected)

  --ref-fasta REF_FASTA  Path to FAI-indexed reference FASTA file, required for dbSNP/ExAC/UK10K-based annotation

  --dbsnp-vcf DBSNP_VCF  Path to dbSNP VCF file, activates dbSNP annotation

  --dbsnp-prefix DBSNP_PREFIX

                         Prefix for dbSNP annotations

  --exac-vcf EXAC_VCF    Path to ExAC VCF file, activates ExAC annotation

  --exac-prefix EXAC_PREFIX

                         Prefix for ExAC annotations

  --gnomad-exomes-vcf GNOMAD_EXOMES_VCF

                         Path to gnomAD exomes VCF file, activates gnomAD exomes annotation

  --gnomad-exomes-prefix GNOMAD_EXOMES_PREFIX

                         Prefix for ExgnomAD exomes AC annotations

  --gnomad-genomes-vcf GNOMAD_GENOMES_VCF

                         Path to gnomAD genomes VCF file, activates gnomAD genomes annotation

  --gnomad-genomes-prefix GNOMAD_GENOMES_PREFIX

                         Prefix for ExgnomAD genomes AC annotations

  --uk10k-vcf UK10K_VCF  Path to UK10K VCF file, activates UK10K annotation

  --uk10k-prefix UK10K_PREFIX

                         Prefix for UK10K annotations

  --g1k-vcf G1K_VCF      Path to thousand genomes VCF file, activates thousand genomes annotation

  --g1k-prefix G1K_PREFIX

                         Prefix for thousand genomes annotations

  --clinvar-vcf CLINVAR_VCF

                         Path to ClinVar file, activates ClinVar annotation

  --clinvar-prefix CLINVAR_PREFIX

                         Prefix for ClinVar annotations

  --cosmic-vcf COSMIC_VCF

                         Path to COSMIC file, activates COSMIC annotation

  --cosmic-prefix COSMIC_PREFIX

                         Prefix for COSMIC annotations

  --one-parent-gt-filtered-filters-affected

                         If one parent's genotype is affected, apply OneParentGtFiltered filter to child

  --inheritance-anno-use-filters

                         Use filters in inheritance mode annotation

 

Annotation with dbNSFP (experimental; optional):

  --dbnsfp-tsv DBNSFP_TSV

                         Patht to dbNSFP TSV file

  --dbnsfp-col-contig DBNSFP_COL_CONTIG

                         Column index of contig in dbNSFP

  --dbnsfp-col-position DBNSFP_COL_POSITION

                         Column index of position in dbNSFP

  --dbnsfp-prefix DBNSFP_PREFIX

                         Prefix for dbNSFP annotations

  --dbnsfp-columns DBNSFP_COLUMNS

                         Columns from dbDSFP file to use for annotation

 

BED-based Annotation (experimental; optional):

  --bed-annotation BED_ANNOTATION

                         Add BED file to use for annotating. The value must be of the format "pathToBed:infoField:description[:colNo]".

 

Generic VCF-based Annotation (experimental; optional):

  --vcf-annotation VCF_ANNOTATION

                         Add VCF file to use for annotating. The value must be of the format "pathToVfFile:prefix:field1,field2,field3".

 

TSV-based Annotation (experimental; optional):

  --tsv-annotation TSV_ANNOTATION

                         Add TSV  file  to  use  for  annotating.  The  value  must  be  of  the  format  "pathToTsvFile:oneBasedOffset:colContig:colStart:colEnd:colRef(or=0):colAlt(or=0):isRefAnnotated(R=yes,A=no):colValue:fieldType:fieldName:

                         fieldDescription:accumulationStrategy".

 

Threshold-filter related arguments:

  --use-threshold-filters

                         Use threshold-based filters

  --gt-thresh-filt-min-cov-het GT_THRESH_FILT_MIN_COV_HET

                         Minimal coverage for het. call

  --gt-thresh-filt-min-cov-hom-alt GT_THRESH_FILT_MIN_COV_HOM_ALT

                         Minimal coverage for hom. alt calls

  --gt-thresh-filt-max-cov GT_THRESH_FILT_MAX_COV

                         Maximal coverage for a sample

  --gt-thresh-filt-min-gq GT_THRESH_FILT_MIN_GQ

                         Minimal genotype call quality

  --gt-thresh-filt-min-aaf-het GT_THRESH_FILT_MIN_AAF_HET

                         Minimal het. call alternate allele fraction

  --gt-thresh-filt-max-aaf-het GT_THRESH_FILT_MAX_AAF_HET

                         Maximal het. call alternate allele fraction

  --gt-thresh-filt-min-aaf-hom-alt GT_THRESH_FILT_MIN_AAF_HOM_ALT

                         Minimal hom. alt call alternate allele fraction

  --gt-thresh-filt-max-aaf-hom-ref GT_THRESH_FILT_MAX_AAF_HOM_REF

                         Maximal hom. ref call alternate allele fraction

  --var-thresh-max-allele-freq-ad VAR_THRESH_MAX_ALLELE_FREQ_AD

                         Maximal allele fraction for autosomal dominant inheritance mode

  --var-thresh-max-allele-freq-ar VAR_THRESH_MAX_ALLELE_FREQ_AR

                         Maximal allele fraction for autosomal recessive inheritance mode

  --var-thresh-max-hom-alt-exac VAR_THRESH_MAX_HOM_ALT_EXAC

                         Maximal count in homozygous state in ExAC before ignoring

  --var-thresh-max-hom-alt-g1k VAR_THRESH_MAX_HOM_ALT_G1K

                         Maximal count in homozygous state in ExAC before ignoring

  --use-advanced-pedigree-filters

                         Use advanced pedigree-based filters (mainly useful for de novo variants)

  --de-novo-max-parent-ad2 DE_NOVO_MAX_PARENT_AD2

                         Maximal support of alternative allele in parent for de novo variants.

 

Exome on/off target filters:

  --enable-off-target-filter

                         Enable filter for on/off-target based on effect impact

  --utr-is-off-target    Make UTR count as off-target (default is to count UTR as on-target)

  --intronic-splice-is-off-target

                         Make intronic (non-consensus site) splice region count as off-target (default is to count as on-target)

 

Other, optional Arguments:

  --no-escape-ann-field  Disable escaping of INFO/ANN field in VCF output

  --show-all             Show all effects

  --no-3-prime-shifting  Disable shifting towards 3' of transcript

  --3-letter-amino-acids

                         Enable usage of 3 letter amino acid codes

  --disable-parent-gt-is-filtered

 

Verbosity Options:

  --report-no-progress   Disable progress report, more quiet mode

  -v, --verbose          Enable verbose mode

  -vv, --very-verbose    Enable very verbose mode

 

Proxy Options:

  Configuration related to Proxy, note that environment variables *_proxy and *_PROXY are also interpreted

 

  --http-proxy HTTP_PROXY

                         Set HTTP proxy to use, if any

  --https-proxy HTTPS_PROXY

                         Set HTTPS proxy to use, if any

  --ftp-proxy FTP_PROXY  Set FTP proxy to use, if any

> jannovar annotate-csv -h

$ jannovar annotate-csv -h

usage: jannovar-cli annotate-csv [-h] -d DATABASE -i INPUT -c CHR -p POS -r REF -a ALT [-t {Default,TDF,RFC4180,Excel,MySQL}] [--header] [--show-all] [--no-3-prime-shifting] [--3-letter-amino-acids] [--version] [--report-no-progress] [-v] [-vv]

                    [--http-proxy HTTP_PROXY] [--https-proxy HTTPS_PROXY] [--ftp-proxy FTP_PROXY]

 

Perform annotation of genomic changes given on the command line

 

optional arguments:

  -h, --help             show this help message and exit

  --version              Show Jannovar version

 

Required arguments:

  -d DATABASE, --database DATABASE

                         Path to database .ser file

  -i INPUT, --input INPUT

                         CSV file

  -c CHR, --chr CHR      Column of chr (1 based)

  -p POS, --pos POS      Column of pos (1 based)

  -r REF, --ref REF      Column of ref (1 based)

  -a ALT, --alt ALT      Column of alt (1 based)

 

Additional CSV arguments (optional):

  -t {Default,TDF,RFC4180,Excel,MySQL}, --type {Default,TDF,RFC4180,Excel,MySQL}

                         Type of csv file. 

  --header               Set if the file contains a header. 

 

Optional Arguments:

  --show-all             Show all effects

  --no-3-prime-shifting  Disable shifting towards 3' of transcript

  --3-letter-amino-acids

                         Enable usage of 3 letter amino acid codes

 

Verbosity Options:

  --report-no-progress   Disable progress report, more quiet mode

  -v, --verbose          Enable verbose mode

  -vv, --very-verbose    Enable very verbose mode

 

Proxy Options:

  Configuration related to Proxy, note that environment variables *_proxy and *_PROXY are also interpreted

 

  --http-proxy HTTP_PROXY

                         Set HTTP proxy to use, if any

  --https-proxy HTTPS_PROXY

                         Set HTTPS proxy to use, if any

  --ftp-proxy FTP_PROXY  Set FTP proxy to use, if any

 

Example: java -jar Jannovar.jar annotate-csv -d hg19_refseq.ser -c 1 -p 2 -r 3 -r 4 -t TDF --header -i input.csv

jannovar statistics -h

$ jannovar statistics -h

usage: jannovar-cli statistics [-h] -i INPUT_VCF -o OUTPUT_REPORT -d DATABASE [--version] [--report-no-progress] [-v] [-vv] [--http-proxy HTTP_PROXY] [--https-proxy HTTPS_PROXY] [--ftp-proxy FTP_PROXY]

 

Compute statistics about variants in VCF file

 

optional arguments:

  -h, --help             show this help message and exit

  --version              Show Jannovar version

 

Required arguments:

  -i INPUT_VCF, --input-vcf INPUT_VCF

                         Path to input VCF file

  -o OUTPUT_REPORT, --output-report OUTPUT_REPORT

                         Path to output report TXT file

  -d DATABASE, --database DATABASE

                         Path to database .ser file

 

Verbosity Options:

  --report-no-progress   Disable progress report, more quiet mode

  -v, --verbose          Enable verbose mode

  -vv, --very-verbose    Enable very verbose mode

 

Proxy Options:

  Configuration related to Proxy, note that environment variables *_proxy and *_PROXY are also interpreted

 

  --http-proxy HTTP_PROXY

                         Set HTTP proxy to use, if any

  --https-proxy HTTPS_PROXY

                         Set HTTPS proxy to use, if any

  --ftp-proxy FTP_PROXY  Set FTP proxy to use, if any

jannovar annotate-pos -h

$ jannovar annotate-pos -h

usage: jannovar-cli annotate-pos [-h] -d DATABASE -c GENOMIC_CHANGE [--show-all] [--no-3-prime-shifting] [--3-letter-amino-acids] [--version] [--report-no-progress] [-v] [-vv] [--http-proxy HTTP_PROXY] [--https-proxy HTTPS_PROXY]

                    [--ftp-proxy FTP_PROXY]

 

Perform annotation of genomic changes given on the command line

 

optional arguments:

  -h, --help             show this help message and exit

  --version              Show Jannovar version

 

Required arguments:

  -d DATABASE, --database DATABASE

                         Path to database .ser file

  -c GENOMIC_CHANGE, --genomic-change GENOMIC_CHANGE

                         Genomic change to annotate, you can give multiple ones

 

Optional Arguments:

  --show-all             Show all effects

  --no-3-prime-shifting  Disable shifting towards 3' of transcript

  --3-letter-amino-acids

                         Enable usage of 3 letter amino acid codes

 

Verbosity Options:

  --report-no-progress   Disable progress report, more quiet mode

  -v, --verbose          Enable verbose mode

  -vv, --very-verbose    Enable very verbose mode

 

Proxy Options:

  Configuration related to Proxy, note that environment variables *_proxy and *_PROXY are also interpreted

 

  --http-proxy HTTP_PROXY

                         Set HTTP proxy to use, if any

  --https-proxy HTTPS_PROXY

                         Set HTTPS proxy to use, if any

  --ftp-proxy FTP_PROXY  Set FTP proxy to use, if any

 

Example: java -jar Jannovar.jar annotate-pos -d hg19_refseq.ser -c 'chr1:12345C>A'

jannovar download -h

$ jannovar download -h

usage: jannovar-cli download [-h] -d DATABASE [-s DATA_SOURCE_LIST] [--download-dir DOWNLOAD_DIR] [--gene-ids GENE_IDS [GENE_IDS ...]] [-o OUTPUT_FILE] [--version] [--report-no-progress] [-v] [-vv] [--http-proxy HTTP_PROXY]

                    [--https-proxy HTTPS_PROXY] [--ftp-proxy FTP_PROXY]

 

Download transcript database

 

optional arguments:

  -h, --help             show this help message and exit

  --version              Show Jannovar version

 

Required arguments:

  -d DATABASE, --database DATABASE

                         Name of database to download, can be given multiple times

 

Optional Arguments:

  -s DATA_SOURCE_LIST, --data-source-list DATA_SOURCE_LIST

                         INI file with data source list

  --download-dir DOWNLOAD_DIR

                         Path to download directory

  --gene-ids GENE_IDS [GENE_IDS ...]

                         Optional list of genes to limit creation of database to

  -o OUTPUT_FILE, --output-file OUTPUT_FILE

                         Optional path to output file

 

Verbosity Options:

  --report-no-progress   Disable progress report, more quiet mode

  -v, --verbose          Enable verbose mode

  -vv, --very-verbose    Enable very verbose mode

 

Proxy Options:

  Configuration related to Proxy, note that environment variables *_proxy and *_PROXY are also interpreted

 

  --http-proxy HTTP_PROXY

                         Set HTTP proxy to use, if any

  --https-proxy HTTPS_PROXY

                         Set HTTPS proxy to use, if any

  --ftp-proxy FTP_PROXY  Set FTP proxy to use, if any

 

 

 

実行方法

1、データベースの準備(初回のみ)

hg19/GRCh37のRefSeq transcript databaseをダウンロードする。

jannovar download -d hg19/refseq

ダウンロード後、データベースファイルdata/hg19_refseq.serができる。 

f:id:kazumaxneo:20191106150720p:plain

以下のデータベースが利用できる。

> jannovar db-list

$ jannovar db-list

Options

JannovarDBOptions [dataSourceFiles=[bundle:///default_sources.ini], isReportProgress()=true, getHttpProxy()=null, getHttpsProxy()=null, getFtpProxy()=null]

Available data sources:

 

    hg18/ucsc

    hg18/ensembl

    hg18/refseq

    hg18/refseq_curated

    hg19/ucsc

    hg19/ensembl

    hg19/refseq

    hg19/refseq_curated

    hg19/refseq_interim

    hg19/refseq_interim_curated

    hg38/ucsc

    hg38/ensembl

    hg38/refseq

    hg38/refseq_curated

    mm9/ucsc

    mm9/ensembl

    mm9/refseq

    mm9/refseq_curated

    mm10/ucsc

    mm10/ensembl

    mm10/refseq

    mm10/refseq_curated

    rn6/refseq

    rn6/refseq_curated

利用できるのはヒトとマウスのhg18, hg19, hg38, mm9, mm10である。

 

 

2、vcfを指定してバリアントのアノテーションを行う。

変異のVCFを指定する。ここではJannovarのgithubにあるsmall.vcfを使う。

jannovar annotate-vcf -d data/hg19_refseq.ser \
-i jannovar/examples/small.vcf -o ouput.vcf

入力VCF

f:id:kazumaxneo:20191106152451p:plain

出力VCF。アノテーションアサインされている。

f:id:kazumaxneo:20191106151803p:plain

"LOW"とか"MODERATE"などあるが、これはVariant annotations in VCF formatの定義に従って変異の影響度がつけられたものになる。

Variant Effects — Jannovar 0.11.0 documentation にも解説がある。

f:id:kazumaxneo:20191106151959p:plain


 

そのほかのコマンド

jannovar annotate-pos  -  Perform annotation of genomic changes given on the command line

変異後の配列のアノテーションを素早く確認する。chr1の12345のC =>Aなら'chr1:12345C>A'と指定する(formatは{CHROMOSOME}:{POSITION}{REF}>{ALT} )。下ではもう1箇所指定している。

jannovar annotate-vcf -d data/hg19_refseq.ser \
 -c 'chr1:12345C>A' -c 'chr1:12346C>A'

出力

#change effect hgvs_annotation messages

chr1:12345C>A NON_CODING_TRANSCRIPT_INTRON_VARIANT DDX11L1:NR_046018.2:n.354+118C>A: .

chr1:12346C>A NON_CODING_TRANSCRIPT_INTRON_VARIANT DDX11L1:NR_046018.2:n.354+119C>A: .

 

jannovar statistics  - Compute statistics about variants in VCF file

jannovar statistics -d data/hg19_refseq.ser \
-i input.vcf -o stats

出力

f:id:kazumaxneo:20191106160055p:plain


 

引用
Jannovar: a java library for exome annotation
Jäger M1, Wang K, Bauer S, Smedley D, Krawitz P, Robinson PN

Hum Mutat. 2014 May;35(5):548-55