macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

NCBIのGenomic feature座標変換機能(Remap)

 

What is NCBI Remap?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/remap/docs/whatis

 About our alignments

 紹介動画

 

使い方

Assembly-Assembly

Coordinate remapping service: NCBIにアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20190822205518p:plain

生物を指定する。ここではヒトを選択。

f:id:kazumaxneo:20190822205645p:plain

 

クリックして決定すると、利用できるアセンブリバージョンが表示される。

f:id:kazumaxneo:20190822205753p:plain

ソースアセンブリとターゲットアセンブリを選択する。

f:id:kazumaxneo:20190822213139p:plain

 

パラメータを指定する。

f:id:kazumaxneo:20190822220938p:plain

入力のファイルフォーマットと出力のファイルフォーマットを指定し、ファイルをアップロードする。

f:id:kazumaxneo:20190822213810p:plain

submitする。

結果は指定した形式でダウンロードできる。ファイル名が~.拡張子.htmlになっているので、.html部分を消して使う。

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簡易またはフルレポートもダウンロードできる。

限定的ではあるが、ある生物のアセンブリから別の生物のアセンブリアノテーションを移すこともできる(de novo aanotation解析を行っているわけではない)。将来、対象生物種は拡大する予定と記載されている。

 

他にClinical Remap(human)とAlt loci remap(human、mus musculus、danio rerio)がある。詳細はdocument参照(link)。

引用

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/remap#tab=alt-loci&org_alt_loci=Homo%20sapiens&assm_alt_loci=GCF_000001405.39&min_ratio=0.5&max_ratio=2.0&allow_locations=true&merge_fragments=true&in_fmt=gtf&out_fmt=hgvs&genome_workbench=true

 

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