What is NCBI Remap?
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/remap/docs/whatis
紹介動画
使い方
Assembly-Assembly
Coordinate remapping service: NCBIにアクセスする。
生物を指定する。ここではヒトを選択。
クリックして決定すると、利用できるアセンブリバージョンが表示される。
パラメータを指定する。
入力のファイルフォーマットと出力のファイルフォーマットを指定し、ファイルをアップロードする。
submitする。
結果は指定した形式でダウンロードできる。ファイル名が~.拡張子.htmlになっているので、.html部分を消して使う。
簡易またはフルレポートもダウンロードできる。
限定的ではあるが、ある生物のアセンブリから別の生物のアセンブリにアノテーションを移すこともできる(de novo aanotation解析を行っているわけではない)。将来、対象生物種は拡大する予定と記載されている。
他にClinical Remap(human)とAlt loci remap(human、mus musculus、danio rerio)がある。詳細はdocument参照(link)。
引用
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