2019 8/22 リンクミス修正
Ensemblのゲノム座標変換ツールを紹介する。オンラインで使用できる。
使い方
Ensembl Tools
https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/index.html
Assembly Converterを選択する。
またはEnsemblのモデル生物ゲノムページからConvert your sequence~を選ぶ。
生物を選択する。ヒトを選んだ。
ツールにはCrossMap（link）が使用されている。
ゲノムのバージョンを指定する。GRCh37 => GRCh38に変換する。
変換するgenomic featureを選択。GRCh37のBEDをGRCh38の座標に修正する。
GRCh37のBEDをアップロードする。
Runを選択
変換にはしばらくかかる。ランが終わると、Downloadボタンからダウンロードできる。
CrossMapは別に紹介します。
引用
https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/AssemblyConverter
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