macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

EnsemblのGenomic feature座標変換機能(CrossMap)

2019 8/22 リンクミス修正

 

Ensemblのゲノム座標変換ツールを紹介する。オンラインで使用できる。

 

使い方

Ensembl Tools

https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/index.html

f:id:kazumaxneo:20190821233648p:plain

Assembly Converterを選択する。

 

またはEnsemblのモデル生物ゲノムページからConvert your sequence~を選ぶ。

f:id:kazumaxneo:20190821235057p:plain

 

生物を選択する。ヒトを選んだ。

f:id:kazumaxneo:20190821233314p:plain

ツールにはCrossMap(link)が使用されている。

 

ゲノムのバージョンを指定する。GRCh37 => GRCh38に変換する。

f:id:kazumaxneo:20190821233316p:plain

 

変換するgenomic featureを選択。GRCh37のBEDをGRCh38の座標に修正する。

f:id:kazumaxneo:20190821233348p:plain

GRCh37のBEDをアップロードする。

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Runを選択

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変換にはしばらくかかる。ランが終わると、Downloadボタンからダウンロードできる。

f:id:kazumaxneo:20190822002656p:plain

 

CrossMapは別に紹介します。

引用

https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/AssemblyConverter

 

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