macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

blast結果を視覚化する BlastViewer

 

 

BlastViewerツは、NCBI BLASTソフトウェアの結果をグラフィカルに表示することを目的として開発されたツールである。詳細はGIhutbとwiki参照。

 

wiki

Home · pgdurand/BlastViewer Wiki · GitHub

  

インストール

windows10 proとubuntu16.0.4でテストした(いずれもjava version1.8.0)。

依存

本体 GIthub

リリースよりビルド済みjarファイルをダウンロードする。

 

 

実行方法

1、blastを実行してlegacy xmlファイルを出力しておく。NCBIにアクセスしてblastを実行したなら、上のメニューからxml形式でダウンロードする。

f:id:kazumaxneo:20190701121004j:plain

 左上の方にあるXMLを選択してダウンロード実行。

f:id:kazumaxneo:20190701123724j:plain

 

ローカルblastの場合、"-outfmt 5"付きでblastを実行する(legacy blastを使っているなら"-m 7")。

#例えばblastpなら
blastp -db blastp_database -query query.fasta -out output.xml \
-num_threads 8 -outfmt 5

  -outfmt <String>

  • alignment view options:
  • 0 = Pairwise,
  • 1 = Query-anchored showing identities,
  • 2 = Query-anchored no identities,
  • 3 = Flat query-anchored showing identities,
  • 4 = Flat query-anchored no identities,
  • 5 = BLAST XML,
  • 6 = Tabular,
  • 7 = Tabular with comment lines,
  • 8 = Seqalign (Text ASN.1),
  • 9 = Seqalign (Binary ASN.1),
  • 10 = Comma-separated values,
  • 11 = BLAST archive (ASN.1),
  • 12 = Seqalign (JSON),
  • 13 = Multiple-file BLAST JSON,
  • 14 = Multiple-file BLAST XML2,
  • 15 = Single-file BLAST JSON,
  • 16 = Single-file BLAST XML2,
  • 18 = Organism Report

 

2、コンソールで以下のように打ってBlastViewerを起動。

java -jar blastviewer-5.2.0.jar

#またはメモリ指定して起動。512mメモリで立ち上げ、10gまでメモリ使用を許可。
java -Xms512m -Xmx10G -jar blastviewer-5.0.0.jar

 

 windowsで起動したところ。

f:id:kazumaxneo:20190701115822j:plain

 

xmlファイルを読み込む。

f:id:kazumaxneo:20190701124051j:plain

 

読み込んだところ。BCBIでblastを実行した時と同じように、表形式で結果はまとめられる。

f:id:kazumaxneo:20190701124126j:plain

 

ヒット部位

f:id:kazumaxneo:20190701143446j:plain

それぞれのヒットをクリックすると、その配列に関する情報が表示される。

f:id:kazumaxneo:20190701143611j:plain

 

Multiple Sequence Alignment (MSA) 表示

f:id:kazumaxneo:20190701124401j:plain

 

引用

https://github.com/pgdurand/BlastViewer

  

関連論文

Visual BLAST and visual FASTA: graphic workbenches for interactive analysis of full BLAST and FASTA outputs under MICROSOFT WINDOWS 95/NT.
Durand P, Canard L, Mornon JP

Comput Appl Biosci. 1997 Aug;13(4):407-13.

 

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