BlastViewerは、NCBI BLASTソフトウェアの結果をグラフィカルに表示することを目的として開発されたツールである。詳細はGIhutbとwiki参照。
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インストール
windows10 proとubuntu16.0.4でテストした（いずれもjava version1.8.0）。
依存
- Java Virtual Machine 1.7 (or above) from Oracle (link).
本体 GIthub
リリースよりビルド済みjarファイルをダウンロードする。
実行方法
１、blastを実行してlegacy xmlファイルを出力しておく。NCBIにアクセスしてblastを実行したなら、上のメニューからxml形式でダウンロードする。
左上の方にあるXMLを選択してダウンロード実行。
ローカルblastの場合、"-outfmt 5"付きでblastを実行する（legacy blastを使っているなら"-m 7"）。
#例えばblastpなら
blastp -db blastp_database -query query.fasta -out output.xml \
-num_threads 8 -outfmt 5
-outfmt <String>
- alignment view options:
- 0 = Pairwise,
- 1 = Query-anchored showing identities,
- 2 = Query-anchored no identities,
- 3 = Flat query-anchored showing identities,
- 4 = Flat query-anchored no identities,
- 5 = BLAST XML,
- 6 = Tabular,
- 7 = Tabular with comment lines,
- 8 = Seqalign (Text ASN.1),
- 9 = Seqalign (Binary ASN.1),
- 10 = Comma-separated values,
- 11 = BLAST archive (ASN.1),
- 12 = Seqalign (JSON),
- 13 = Multiple-file BLAST JSON,
- 14 = Multiple-file BLAST XML2,
- 15 = Single-file BLAST JSON,
- 16 = Single-file BLAST XML2,
- 18 = Organism Report
２、コンソールで以下のように打ってBlastViewerを起動。
java -jar blastviewer-5.2.0.jar
#またはメモリ指定して起動。512mメモリで立ち上げ、10gまでメモリ使用を許可。
java -Xms512m -Xmx10G -jar blastviewer-5.0.0.jar
windowsで起動したところ。
xmlファイルを読み込む。
読み込んだところ。BCBIでblastを実行した時と同じように、表形式で結果はまとめられる。
ヒット部位
それぞれのヒットをクリックすると、その配列に関する情報が表示される。
Multiple Sequence Alignment (MSA) 表示
引用
https://github.com/pgdurand/BlastViewer
関連論文
Visual BLAST and visual FASTA: graphic workbenches for interactive analysis of full BLAST and FASTA outputs under MICROSOFT WINDOWS 95/NT.
Durand P, Canard L, Mornon JP
Comput Appl Biosci. 1997 Aug;13(4):407-13.
関連
