macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Virusの ultra deep NGSのbamからコンセンサス配列を出力する ConsensusFixer

2019 5/14リンク追加

2019 5/30 インストール追記

 

ConsensusFixerはjavaコマンドラインアプリケーション。virusのウルトラディープNGSのアライメント(インフレーム挿入とあいまいなヌクレオチドを含む)からコンセンサスシーケンスを計算、出力する。European Virus Bioinformatics Center のツール一覧(リンク)で紹介されている。

 

インストール

依存

本体 Github

リリースから.jarファイルをダウンロードするかcondaで導入する。

#bioconda
conda install -c bioconda -y consensusfixer

java -jar ConsensusFixer.jar

$ java -jar ConsensusFixer.jar 

No input given

 

ConsensusFixer version: 0.4

 

USAGE: java -jar ConsensusFixer.jar options...

 

 -------------------------

 === GENERAL options ===

  -i INPUT : Alignment file in BAM format (required).

  -r INPUT : Reference file in FASTA format (optional).

  -o PATH : Path to the output directory (default: current directory).

  -mcc INT : Minimal coverage to call consensus.

  -mic INT : Minimal coverage to call insertion.

  -plurality DOUBLE : Minimal relative position-wise base occurence to integrate into wobble (default: 0.05).

  -pluralityN DOUBLE : Minimal relative position-wise gap occurence call N (default: 0.5).

  -m : Majority vote respecting pluralityN first, otherwise allow wobbles.

  -f : Only allow in frame insertions in the consensus.

  -d : Remove gaps if they are >= pluralityN.

  -mi : Only the insertion with the maximum frequency greater than mic is incorporated.

  -pi : Progressive insertion mode, respecting mic.

  -pis INT : Window size for progressive insertion mode (default: 300).

  -dash : Use '-' instead of bases from the reference.

  -s : Single core mode with low memory footprint.

 

 -------------------------

 === Technical options ===

  -XX:NewRatio=9 : Reduces the memory consumption (RECOMMENDED to use).

  -Xms2G -Xmx10G : Increase heap space.

  -XX:+UseParallelGC : Enhances performance on multicore systems.

  -XX:+UseNUMA : Enhances performance on multi-CPU systems.

 -------------------------

 === EXAMPLES ===

   java -XX:+UseParallelGC -Xms2g -Xmx10g -XX:+UseNUMA -XX:NewRatio=9 -jar ConsensusFixer.jar -i alignment.bam -r reference.fasta

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実行方法

bamとリファレンスのfastaを指定する。リファレンスのfastaにchrが2つ以上含まれているとエラーになる。

java -jar ConsensusFixer.jar -i input.bam -r reference.fasta -mcc 0 -o output
  • -i      Alignment file in BAM format (required).
  • -r     Reference file in FASTA format (optional).
  • -o    Path to the output directory (default: current directory).
  • -mcc   Minimal coverage to call consensus.

outputconsensus.fastaが出力される。

 

追記

samtoolsを使った方法は

sam/bamファイルを変換、編集したり分析するためのツール - macでインフォマティクス の下の方にある"Consensus fasta"のコマンドを参照。

 

引用

Github

https://github.com/cbg-ethz/ConsensusFixer

 

参考

Question: Generate consensus sequence from BAM without ambiguity codes

https://www.biostars.org/p/302736/