macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2005-2017年の各大学のバイオイオンフォマティクス系論文出版数と内容を視覚化した BIOLITMAP

 

 科学および技術のさまざまな分野の科学的貢献に価値を置くことがますます重要になっている。バイオインフォマティクスの急速な発展とその本質的な学際的性質のために、さまざまな応用分野や機関の貢献がどのように発展しているかを視覚化することは特に難しい。組織、助成機関、その他の社会関係者による分析と計画を容易にするために、視覚化がますます重要になっている。

 バイオインフォマティクスのさまざまな研究分野におけるpublicationsの探査を容易にするために、本著者らはBIOLITMAPを発表する。 BIOLITMAPは、年ごとの探査、ジャーナルおよび特定のバイオインフォマティクスのトピックを可能にする、機関によって発行された世界的なバイオインフォマティクス研究をキャプチャする。 BIOLITMAPを使用して、バイオインフォマティクスにおけるさまざまな研究ライン、機関、国の進化のグローバルな概要を提供している。これはこれまで利用できなかった新しい機能である。さらに、それは、期間、ジャーナル、トピックおよび機関に基づいて科学出版物(scientific publications)を見つけ、それらを整頓、視覚化し、検索結果をプリントして見るためにユーザが情報を容易にナビゲートするインタラクティブな方法を提供する。関連する統計このツールを使用して、他の以前のツールでは不可能だった方法で科学論文を調査および取得するための新しいベースラインを提供し、それをさらに分析する可能性を開く。

 このシステムはScopus(https://www.scopus.com/)(wiki)データベースから得られたデータに基づいている。信頼できる引用元として認められているためである(Falagas et al、2008)。 このシステムの最初のバージョンでは、Bioinformatics OUP、BMC Bioinformatics、BMC Genomics、PLoS Computational Biology、Nucleic Acids Researchなど、5つの代表的なジャーナルに掲載された論文が掲載されている。 Scopusには、「ジャーナル」と「レビュー」という2つのカテゴリの文書がある。 Googleの検索では、「Reviews」を除く「Article」タイプのドキュメントのみを保持するようにフィルタを適用した。 その結果、Oxford BioinformaticsのApplication Notesと、ジャーナルの special issues が含まれる。 現在のデータベースは2005年から2017年までをカバーしており、合計46,552のarticlesが含まれている。

 

ソースコード

Github


使い方

http://socialanalytics.bsc.es/biolitmap/にアクセスする。

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例えばアイビーリーグあたりを拡大して見てみる。ハーバード大学のscientific publicationsを可視化。MITと隣接しているので、十分に拡大しないとplotが被ってしまう。

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右上から年代を選択。Select Allで全て表示した。

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2005年-2017年の推移。

 

日本を見てみる。Bioinformatics、BMC Bioinformatics、BMC Genomics、PLoS Computational Biology、Nucleic Acids Researchのうち、BioinformaticsとBMC Bioinformaticsだけ選択してみた。調べてみると東大が一番多かった。

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日本のplotが非常に少ないが、数が一定数ないとカウント対象にならないと思われる。また、大学以外の研究機関はごく一部以外集計対象になっていない。

 

view articlesをクリックするとカウント対象になった論文一覧を表示/プリントできる。

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右上からは、年代、5 journal、研究カテゴリーを選択できる。

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上はカテゴリー選択時の画面

 

左端のgraphicボタンをクリックすると、地図に重ねてグラフを表示できる。

ジャーナル内訳

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年毎のscientific publications件数

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カテゴリー内訳

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引用

BIOLITMAP: a web-based geolocated, temporal and thematic visualization of the evolution of bioinformatics publications
Adrián Bazaga Alfonso Valencia María- JoséRementeria
Bioinformatics, Published: 05 December 2018