macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

haploidスモールゲノムバリアントコーラー; breseqの出力からコントロールの変異を除く breseq-rm-ctrl

タイトルの通りの機能を持つコマンド。コントロール株でもコールされた変異を除くために使う。breseq出力のhtmlファイルを入力に使う。出力もhtmlファイルになる。

 

Breseq本体

http://barricklab.org/twiki/bin/view/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing

 

インストール

mac os10.14でdarwin向け64bitバイナリをダウンロードし、テストした。

依存

breseq-rm-ctrl v0.1.0 is tested for breseq version 0.33.2, it should works for recent breseq versions

本体 Github

リリースリンク 

 

> breseq-rm-ctrl

$ breseq-rm-ctrl

 

breseq-rm-ctrl

 

Version: v0.1.0

 

Author: Wei Shen <shenwei356@gmail.com>

 

Source code: https://github.com/shenwei356/breseq-rm-ctrl

 

Usage:

 

  breseq-rm-ctrl ctrl/output/index.html sample1/output/index.html > sample1/output/index2.html

 

 

実行方法

breseq-rm-ctrl ctrl/output/index.html sample1/output/index.html > sample1/output/index2.html

出力は単一のhtmlファイルになる。

 

参考

breseqはbiocondaでのインストールがサポートされていますが、condaで導入するとbowtie2のパスがおかしくなってこけます。bowtie2は別に入れて、breseqはビルド済みのバイナリを上のリンクからダウンロードして使うと上手くランできます。 

引用
Identification of mutations in laboratory-evolved microbes from next-generation sequencing data using breseq

Deatherage DE1, Barrick JE

Methods Mol Biol. 2014;1151:165-88

 

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