macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

all vs allでgANIを計算する pANIto

 

 インストール

mac os10.12で動作テストを行った。

ビルド依存

  • Ensure you have a standard development environment installed (e.g. gcc, automake, autoconf, libtool).

本体 Github

#homebrewで導入できる
brew install tseemann/bioinformatics-linux/panito

> panito -h

 $ panito -h

Usage: panito [-hV] <file>

This program calculates the genome wide ANI for a multiFASTA alignment.

 -h this help message

 -V print version and exit

 <file> input alignment file which can optionally be gzipped

——

 

実行方法

fastaは同じ長さになっている必要がある。mafftなどを使いマルチプルアライメントを実行しておく。

ゲノムではないが、mafftのexampleファイルを使ってテストしてみる(リンク)。

wget https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ex1.txt
mafft --auto ex1.txt > alignment.fa

pANIを実行

panito alignment.fa > matrix

出力をMiで開く

> open matrix -a mi

f:id:kazumaxneo:20181121104909j:plain

 

総当たりでDDHを行うツールではないので、リアレンジメントを想定しない非常に近いゲノム間でしか使えないことに注意してください。

引用

GitHub - sanger-pathogens/panito: Calculate genome wide average nucleotide identity (gwANI) for a multiFASTA alignment

 

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