macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CUI環境のマルチプルシーケンスアラインメントビューア Alan

2020 7/28 タイトル修正

 

Alanはターミナル(端末エミュレータ)で動くアライメントのビューア。GUIに頼らず端末内で確認作業を完結させることができる。

 

インストール

ubuntu18.04でテストした。

--対応フォーマット--

FASTA、Clustal format alignments

本体 GIthub

alan-2.1.1/alanを叩いて実行する。bashスクリプトになっている。

 ラン

マルチFASTAファイルを開く。入力フォーマットは自動認識する。明示する時は"-n"(DNA)か"-p"(プロテイン)をつける。

alan input.fa

配列が端末エミュレータ(ターミナル)内に表示される。画面からはみ出している場合、十字キーで上下左右に移動できる。

f:id:kazumaxneo:20180814120119j:plain

 

Mafft紹介)でマルチプルアライメントを行なって、結果を確認する。

mafft --auto input.fa > output.aln
alan output.aln

f:id:kazumaxneo:20180814121931j:plain

 

 引用

GitHub - mpdunne/alan: Alignment viewer for linux terminal