ゲノムをMUMmerのnucmerコマンドで相互にアライメントさせた後、ドットプロット（wiki）形式で視覚化するためのツール。
本体 Github（python3.6）
https://github.com/dnanexus/dot
また、このリポジトリをcloneし、Webブラウザでindex.htmlファイルを開くだけで、ロールで使用することもできる。
ラン
下記ページにアクセスする。
https://dnanexus.github.io/dot/
ExampleからGorilla とGRCh38のアライメントを選択してみる。数十秒~数分で結果が描画される。
拡大したい領域を囲むと拡大。ダブルクリックで縮小。
グラフ下のchrかグラフ左のchrをクリックすると，各クロモソームにジャンプする。
下に並んでいる赤いマークは遺伝子を表している。クリックすると遺伝子名を取得できる。
右上のUniqueをクリックすると、Uniqueなアライメントが全て描画される。
D-Geniesというツールも発表されています。こちらもまた紹介します。
https://github.com/genotoul-bioinfo/dgenies
http://dgenies.toulouse.inra.fr
引用
https://github.com/dnanexus/dot
