macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ゲノムのドットプロット解析を行うツール Dot

 

ゲノムをMUMmerのnucmerコマンドで相互にアライメントさせた後、ドットプロット(wiki)形式で視覚化するためのツール。

 

本体 Github(python3.6)

https://github.com/dnanexus/dot

また、このリポジトリをcloneし、Webブラウザでindex.htmlファイルを開くだけで、ロールで使用することもできる。 

ラン

下記ページにアクセスする。

https://dnanexus.github.io/dot/

f:id:kazumaxneo:20180627202037j:plain

ExampleからGorilla とGRCh38のアライメントを選択してみる。数十秒~数分で結果が描画される。

f:id:kazumaxneo:20180627202726j:plain

拡大したい領域を囲むと拡大。ダブルクリックで縮小。

 

グラフ下のchrかグラフ左のchrをクリックすると,各クロモソームにジャンプする。

f:id:kazumaxneo:20180627203009j:plain

下に並んでいる赤いマークは遺伝子を表している。クリックすると遺伝子名を取得できる。

 

右上のUniqueをクリックすると、Uniqueなアライメントが全て描画される。

f:id:kazumaxneo:20180627203058j:plain

 

D-Geniesというツールも発表されています。こちらもまた紹介します。

https://github.com/genotoul-bioinfo/dgenies

http://dgenies.toulouse.inra.fr

追記

 引用

https://github.com/dnanexus/dot