macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブル TransComb

 

TransCombは、junction graphに基づいて開発されたゲノムガイドのアセンブルツール。ペアのショートリードとリファレンスゲノムを使い、RNA seqのシーケンスデータをアセンブルする。複数種のシミュレーションデータセットとリアルデータセットの両方でテストされ、StringTie、Cufflinks、Bayesembler、およびTraphなどの主要アセンブラに対してリコールと精度が向上していることが述べられている。 動作は高速で、メモリ使用量も少ないとされる。

 

インストール

バイナリが配布されている。

SorceForge ダウンロード

https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassembly/files/

 

> ./TransComb

$ ./TransComb 

    

** Error: BAM input file is not provided! **

    

    

===========================================================================

    

TransComb v.1.0 usage:

    

** Required **

    

-b <string>: BAM file produced by Tophat or Tophat2.

    

-s <string>: Strand-specific RNA-Seq reads orientation.

             1) Use <unstranded> to indicate RNA-seq reads are non-strand-specific.

             2) Use <first> to indicate fr-first-stranded RNA-seq reads.

             3) Use <second> to indicate fr-second-stranded RNA-seq reads.

    

---------------------------------------------------------------------------

    

** Options **

    

-h: Output TransComb Help Information

    

-o <string>: Output path/file name of the assembled transcripts GTF, default: ./TransComb.gtf

    

-f <string>: Minimum expression level estimated by abundance analysis for output, default: 0.

    

-l <string>: Minimum assembled transcript length, default: 500.

    

-d <string>: Minimum junction coverage fraction by maximum junction coverage, default: 0.02.

    

-D <string>: Minimum farction of unbalanced junction, default: 0.1.

    

-g <string>: Minimum  gene length, default: 200.

    

-t: Disable trimming of predicted transcripts based on coverage, default: coverage trimming is enabled.

    

-e <string>: Minimum gap length between two exons, default: 200.

    

-F <string>: Minimum seed coverage used for generate a new transcript, default: 0.

    

-a <string>: Minimum anchor length for junctions, default: 1.

    

-m <string>: Fraction of exon allowed to be covered by multi-hit reads, default: 1.

    

-v: Report the current version of TransComb and exit.

    

** Note **

    

A typical command of TransComb might be:

    

TransComb -b file.bam -s unstranded

    

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パスの通ったディレクトリに移動しておく。 

 

ラン

テストランを行う (unstranded)。

cd sample_test/
TransComb -b test.bam -s unstranded -l 200
  • -b <string>   BAM file produced by Tophat or Tophat2.
  • -s <string>   Strand-specific RNA-Seq reads orientation. 1) Use <unstranded> to indicate RNA-seq reads are non-strand-specific. 2) Use <first> to indicate fr-first-stranded RNA-seq reads. 3) Use <second> to indicate fr-second-stranded RNA-seq reads.

 

引用

TransComb: genome-guided transcriptome assembly via combing junctions in splicing graphs.

Genome Biol. 2016 Oct 19;17(1):213.

Liu J, Yu T, Jiang T, Li G.