macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

原核生物のReference-assisted assembly CAR

 

CARは、近縁な生物のゲノムに基づいて、原核生物のゲノムのコンティグを精度よく並べ換えるアセンブリツール。論文中では、様々なリアルデータのコンティグと系統学的に近縁さが異なる20のゲノムを使い、正解と謝りの割合を調べており、競合ツールよりパフォーマンスが高いことが示されている。ツールとしてwebサーバー版が提供されている。

  

 

右上のウィンドウからexampleデータを選択してランできる。

f:id:kazumaxneo:20180205225957j:plain

 

exampleデータの結果はhelpからもリンクしている。結果を開く。

f:id:kazumaxneo:20180205231550j:plain

 

CAR resultのAssembly of draft chromosomeを開く。contigの並べ替え結果が表示されている。

f:id:kazumaxneo:20180205231640j:plain

 

 

Dot plot                                          <-- Before                        After-->

f:id:kazumaxneo:20180205231835j:plain

 

 

引用

CAR: contig assembly of prokaryotic draft genomes using rearrangements

Chin Lung Lu,corresponding author Kun-Tze Chen, Shih-Yuan Huang, and Hsien-Tai Chiucorresponding author

BMC Bioinformatics. 2014; 15(1): 381.