macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アセンブルのギャップクローズを支援する GapBlaster

 

 GapBlasterは、ゲノムのアセンブリで得られたコンティグを用いて、NNNで繋がったスキャフォールドのクローズを支援するjavaのツール。GUIで動作する。アセンブリで得られたコンティグをblast+/legacy blast/mummerの新井面ツールでスキャホールドにアライメントして、NNNの配列に一致するだろうcontigを絞り込んでいる。論文の表5には、GAGE-Bのデータセットを使って、 Abyss、ABySS2、AllPaths-LG、Bambus2、MSR-CA、SGA、SOAPdenovo、VelvetのNNNが解消された割合がまとめられている。

   

マニュアル

https://sourceforge.net/projects/gapblaster2015/files/?source=navbar

 

インストール

依存

  • mummer
  • blast+
  • legacy blast

ubuntuDebian)ならapt-getで導入できる。

sudo apt-get install blast2 
sudo apt-get install mummer
sudo apt-get install ncbi-blast+

本体はjavaの実行形式のバイナリで配布されている。

SourceForge

https://sourceforge.net/projects/gapblaster2015/

 

ラン

ターミナルでバイナリを実行すればGUIパネルが起動する。

java -jar GapBlaster_v1.1.2.jar

contigとscaffolds(NNN..を含む)を選択してRunを押す。

f:id:kazumaxneo:20180203121637j:plain

 

ランが終わると、アライメントされたscaffoldsとcontigの延期部分が表示される。また、NNNの解消を試みたscaffoldのFASTAファイルが自動出力される。

 

 

引用

GapBlaster—A Graphical Gap Filler for Prokaryote Genomes

Pablo H. C. G. de Sá , Fábio Miranda , Adonney Veras, Diego Magalhães de Melo, Siomar Soares, Kenny Pinheiro, Luis Guimarães, Vasco Azevedo, Artur Silva, Rommel T. J. Ramos

PLoS One. 2016 May 12;11(5):e0155327.