macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

複数のアセンブラのコンティグをマージする Metassembler

 

Metassemblerは複数のアセンブルツールのcontigをマージし、他のツールの短所を補い合うことで(例えばOLCのアセンブルツールとde brujin graphのアセンブルツール)、より長いcontigを作るツール。アセンブルコンペティションのAssemblathonの1と2のデータを使い、N50が改善されたことを報告している。

 

 

PDFマニュアル

https://sourceforge.net/projects/metassembler/files/?source=navbar

 

インストール

cent OSにインストールした。

依存

  • MUMmer whole genome alignment package
  • bowtie2
  • samtools
  • python
  • perl
  • argparse
  • Statistics::Descriptive

perlのモジュールとpythonのモジュールがなければインストールしておく。

cpanm Statistics::Descriptive
pip install argparse

mummer、bowtie2も無ければbrewで導入しておく。

 

本体 SOurceForge

https://sourceforge.net/projects/metassembler/?source=typ_redirect

解凍して中に入りビルドする。

make install
cd bin/
./metassemble

$ metassemble

usage: metassemble [-h] --conf <configuration file> [--outd <out directory>]

                   [--mgage <mail>] [--dogage <ref path>]

metassemble: error: argument --conf is required

[uesaka@cyano meta1]$ metassemble -h

usage: metassemble [-h] --conf <configuration file> [--outd <out directory>]

                   [--mgage <mail>] [--dogage <ref path>]

 

Metassemble a set of input assemblies.

 

optional arguments:

  -h, --help            show this help message and exit

  --outd <out directory>

  --mgage <mail>        For each intermediate metassembly send an email to

                        <mail> when the merging step is done and the GAGE

                        evaluation tool can be run by the user. This will only

                        work if the Unix mail command is available and

                        functioning

  --dogage <ref path>   For each intermediate metassembly run the GAGE

                        evaluation tool using <ref path> as the reference.

 

required arguments:

  --conf <configuration file>

                        Path to configuration file. (Required)

bin/のパスを通しておく。

  

ラン

--テストラン--

configファイルを自動で作って解析される。

cd Metassembler/Sample/meta1/
sh Metassemble_script.sh

マージされたcontigはMetassembly/に保存される。 

 

 configファイルの詳細はPDFファイルで確認してください。

 

引用

Metassembler: merging and optimizing de novo genome assemblies

Alejandro Hernandez Wences and Michael C. Schatz

Genome Biology 201516:207