macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

複数のトランスクリプトームをマージするtransfuse

 

transfuseは、フィルターを満たすtranscriptsをクラスタリングし、融合したtranscriptsを作るツール。複数のRNAアセンブルツールで合成されたtranscriptsをマージし、よりハイグレードなtranscriptsを作るために用いられる。現在、論文準備中とされる。

 

インストール

Github

https://github.com/cboursnell/transfuse

transfuseはRubyで構築されており、rubyのパッケージ管理コマンドgemでインストールできる。

sudo gem install transfuse

> transfuse

$ transfuse

/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/lib/ruby/2.3.0/universal-darwin17/rbconfig.rb:214: warning: Insecure world writable dir /Users/kazumaxneo/Documents/art_bin_MountRainier/ in PATH, mode 040777

 

  Transfuse v0.5.0

  by Chris Boursnell <cmb211@cam.ac.uk> and

     Richard Smith-Unna <rds45@cam.ac.uk>

 

  DESCRIPTION:

  Merge multiple assemblies.

 

  USAGE:

  transfuse <options>

 

  OPTIONS:

  -a, --assemblies=<s>    assembly files in FASTA format, comma-separated

  -l, --left=<s>          left reads file in FASTQ format

  -r, --right=<s>         right reads file in FASTQ format

  -o, --output=<s>        write merged assembly to file

  -t, --threads=<i>       number of threads (default: 1)

  -i, --id=<f>            sequence identity to cluster at (default: 1.0)

  -n, --install           install dependencies

  -v, --verbose           be verbose

  -e, --version           Print version and exit

  -h, --help              Show this message

 

ラン

transfuse --assemblies soap-k31.fa,soap-k41.fa,soap-k51.fa --left reads_1.fq --right reads_2.fq --output soap-merged.fa --threads 12 -v

 

-vをつけてランしても一向にlogが出てこないなら、エラーの可能性が高いです。その場合、fastaのヘッダーが悪さをしている可能性があります。ヘッダーをシンプルな名前に修正してやり直してみてください。

perl -ane 'if(/\>/){$a++;print ">name_$a\n"}else{print;}' input.fa > rename.fa

 

 

引用

https://github.com/cboursnell/transfuse

 

https://groups.google.com/forum/#!topic/trinityrnaseq-users/Rt9Wnrs3k0A