transfuseは、フィルターを満たすtranscriptsをクラスタリングし、融合したtranscriptsを作るツール。複数のRNA のアセンブルツールで合成されたtranscriptsをマージし、よりハイグレードなtranscriptsを作るために用いられる。現在、論文準備中とされる。
インストール
https://github.com/cboursnell/transfuse
transfuseはRubyで構築されており、rubyのパッケージ管理コマンドgemでインストールできる。
sudo gem install transfuse
> transfuse
$ transfuse
/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/lib/ruby/2.3.0/universal-darwin17/rbconfig.rb:214: warning: Insecure world writable dir /Users/kazumaxneo/Documents/art_bin_MountRainier/ in PATH, mode 040777
Transfuse v0.5.0
by Chris Boursnell <cmb211@cam.ac.uk> and
Richard Smith-Unna <rds45@cam.ac.uk>
DESCRIPTION:
Merge multiple assemblies.
USAGE:
transfuse <options>
OPTIONS:
-a, --assemblies=<s> assembly files in FASTA format, comma-separated
-l, --left=<s> left reads file in FASTQ format
-r, --right=<s> right reads file in FASTQ format
-o, --output=<s> write merged assembly to file
-t, --threads=<i> number of threads (default: 1)
-i, --id=<f> sequence identity to cluster at (default: 1.0)
-n, --install install dependencies
-v, --verbose be verbose
-e, --version Print version and exit
-h, --help Show this message
ラン
transfuse --assemblies soap-k31.fa,soap-k41.fa,soap-k51.fa --left reads_1.fq --right reads_2.fq --output soap-merged.fa --threads 12 -v
-vをつけてランしても一向にlogが出てこないなら、エラーの可能性が高いです。その場合、fastaのヘッダーが悪さをしている可能性があります。ヘッダーをシンプルな名前に修正してやり直してみてください。
perl -ane 'if(/\>/){$a++;print ">name_$a\n"}else{print;}' input.fa > rename.fa
引用
https://github.com/cboursnell/transfuse
https://groups.google.com/forum/#!topic/trinityrnaseq-users/Rt9Wnrs3k0A