DNAでもRNAでも使える、複数サンプルのマッピングを同時比較できるGUIツール Qualimap2

 2019 9/8 インストール追記

公式サイト

http://qualimap.bioinfo.cipf.es

ユーザーマニュアル

http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/index.html

ワークフロー

http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/workflow.html

CUI環境でのラン。

http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/command_line.html

インストール

依存

• Picard:  a Java API (SAM-JDK) for creating programs that read and write SAM files.
• FastQC:  a quality control tool for high throughput sequence data.
• SAMTools:  essential utilities for manipulating alignments in the SAM format.
• NOISeq （リンク） quality control and differential gene expression analysis for RNA-seq data. 
• Repitools （リンク）quality assessment, visualization, summarization and statistical analysis of epigenomics experiments. 

公式サイトからダウンロードしてフォルダにパスを通す。

#解凍して中に入り、次のように打つ。
echo export PATH=\$PATH:`pwd`\ >> ~/.bash_profile && source ~/.bash_profile

#またはcondaを使う、ここではcondaの仮想環境に導入。
#biocona (link)
conda create -n qualimap-env -y qualimap
conda activate qualimap-env

> qualimap -h

$ qualimap -h

Java memory size is set to 1200M

Launching application...

Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM warning: ignoring option MaxPermSize=1024m; support was removed in 8.0

QualiMap v.2.2.1

Built on 2016-10-03 18:14

usage: qualimap <tool> [options]

To launch GUI leave <tool> empty.

Available tools:

    bamqc            Evaluate NGS mapping to a reference genome

    rnaseq           Evaluate RNA-seq alignment data

    counts           Counts data analysis (further RNA-seq data evaluation)

    multi-bamqc      Compare QC reports from multiple NGS mappings

    clustering       Cluster epigenomic signals

    comp-counts      Compute feature counts

Special arguments: 

    --java-mem-size  Use this argument to set Java memory heap size. Example:

                     qualimap bamqc -bam very_large_alignment.bam --java-mem-size=4G

ラン

qualimap --java-mem-size=4G #GUI版が開く

File -> New analysis -> BAM QCを選択。

BAMファイルを選択（SAMも可能だがposition sort されている必要がある）。

>>> Start analysisをクリックして解析開始。

マッピングの詳細。

coverage

coverage histgram

duplication率

リードのポジション毎の塩基の分布

GC率の分布

リードのポジション毎のクリッピング率

Homo polymer

Mapping quality

Mapping qualityのヒストグラム

インサートサイズ

インサートサイズの分布

結果はexport as PDFまたはHTMLから画像出力できる。

 

複数sampleを比較するなら、Multi-sample BAM QCから開始する。PCA plotなどが追加される。データも重ねて表示される（12sample例）。

リンク先から色々なデータを確認できます。

http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/samples.html

引用

Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data.

Okonechnikov K, Conesa A, García-Alcalde F.

Bioinformatics. 2016 Jan 15;32(2):292-4.

Qualimap: evaluating next-generation sequencing alignment data.

García-Alcalde F1, Okonechnikov K, Carbonell J, Cruz LM, Götz S, Tarazona S, Dopazo J, Meyer TF, Conesa A.

Bioinformatics. 2012 Oct 15;28(20):2678-9.