macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Synteny blockを検出して、染色体の類似領域を可視化する Cinteny

 

Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block(wiki)で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。

 

webサーバー

http://cinteny.cchmc.org

使い方についてのデモ動画。

http://cinteny.cchmc.org/doc/demo.php

 

人とチンパンジーのゲノムを選択しstartをクリック。

f:id:kazumaxneo:20180112012420j:plain

 

whole genome analysis のsubmitをクリック。

f:id:kazumaxneo:20180112012426j:plain

上がヒトゲノム、下がチンバンジーゲノム。色が残っている領域が2生物間で類似している染色体領域となる。ただしこの画面ではどことどこがシンテシーを示すかは表示されていない。

f:id:kazumaxneo:20180112012429j:plain

 

確認したいシンテシー部分をクリックすると、染色体同士の比較像に切り替わる。

f:id:kazumaxneo:20180112012437j:plain

 

 

Cintenyでは新規プロジェクトも登録して比較できるようですが、手順が煩雑なので、スモールゲノムならばArtemisやmauveを使うことをおすすめします。

ACTサポートツール

mauve


 

 

引用

Cinteny: flexible analysis and visualization of synteny and genome rearrangements in multiple organisms

Amit U Sinha and Jaroslaw Meller

BMC Bioinformatics 2007 8:82