macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アダプターやプライマーのコンタミを除く AlienTrimmer

 

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが指定したk-merサイズに配列を分解し、汚染配列があるかどうか短時間で検出する。

 

  • マニュアルPDF

解凍したツール内にある。

 

インストール

FTPサイト

ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/AlienTrimmer/

ダウンロードしたAlienTrimmer_0.4.0.tar.gzを解凍し、srcに入る。

chmod a+x JarMaker.sh 
./JarMaker.sh

java -jar AlienTrimmer.jar #動作確認

 

user$ java -jar AlienTrimmer.jar

 

 AlienTrimmer v.0.4.0

 

 USAGE:  AlienTrimmer  [options]

 

 Fast trimming to filter out non-confident  nucleotides and alien oligo-

 nucleotide sequences (adaptors, primers) in both 5' and 3' read ends

 

 OPTIONS:

  -i  <infile>  [single-ends] FASTQ formatted input file name

  -if <infile>  [paired-ends] FASTQ formatted input file name containing

                              forward (fwd) reads

  -ir <infile>  [paired-ends] FASTQ formatted input file name containing

                              reverse (rev) reads

  -o  <outfile> [single-ends] output file name

  -of <outfile> [paired-ends] output file name for trimmed fwd reads

  -or <outfile> [paired-ends] output file name for trimmed rev reads

  -os <outfile> [paired-ends] output  file  name for  remaining  trimmed

                              single (sgl) reads

  -c  [0-9]*    [single-ends] alien sequence  id(s) (see option -d)

  -d  [0-9]     displays alien sequences for the specified id:

                 0: Homopolymers

                 1: Dimers

                 2: Trimers

  -c  <infile>  [single-ends] input file  name  containing  user-defined

                              alien  sequence(s) (one line per sequence)

  -cf [0-9]*    [paired-ends] same as -c for only fwd reads

  -cf <infile>  [paired-ends] same as -c for only fwd reads

  -cr [0-9]*    [paired-ends] same as -c for only rev reads

  -cr <infile>  [paired-ends] same as -c for only rev reads

  -k [5-15]     k value for k-mer decomposition;  must lie between 5 and

                15 (default: k=10)

  -m <int>      allowed mismatch value (default: m=k/2)

  -l <int>      minimum read  length to output;  all trimmed reads  with

                length below this value are filtered out (default: l=15)

  -q [0-40]     Phred quality score cutoff  to trim off low-quality read

                ends; must lie between 0 and 20 (default: q=20)

  -p [0-100]    minimum   allowed   percentage   of   correctly   called

                nucleotides  (i.e.  with Phred  quality score  character

                higher than q); all reads with a percentage of correctly

                called nucleotide lower than this value are filtered out

                (default: p=0)

  -v            displays trimming details during the whole process

 

 EXAMPLES:

 [single-ends]

   AlienTrimmer -i reads.fq -o trim.fq -c 0 -l 30 -p 80

   AlienTrimmer -i reads.fq -c aliens.fa -k 9 -q 10

 [paired-ends]

   AlienTrimmer -if fwd.fq -ir rev.fq -c alien.fa -q 0 -p 75

   AlienTrimmer -if fwd.fq -ir rev.fq -cf alien.fwd.fa -cr alien.rev.fa

 

 

 

実行方法

 汚染配列を指定してラン。

java -jar AlienTrimmer.jar -if fwd.fq -ir rev.fq -c alien.fa -q 0 -p 75
  • -if <infile> [paired-ends] FASTQ formatted input file name containing forward (fwd) reads
  • -ir <infile> [paired-ends] FASTQ formatted input file name containing reverse (rev) reads
  • -o <outfile> [single-ends] output file name
  • -q [0-40] Phred quality score cutoff to trim off low-quality read ends; must lie between 0 and 20 (default: q=20)
  • -p [0-100] minimum allowed percentage of correctly called nucleotides (i.e. with Phred quality score character higher than q); all reads with a percentage of correctly called nucleotide lower than this value are filtered out (default: p=0)
  • -v displays trimming details during the whole process  

 

 

上記FTPサイトからテスト用の454、illuminaのテストデータ(シーケンスリードと除く汚染配列)をダウロードできます。dsrcで圧縮されています。

解凍には初期バージョンのDSRCが必要です。

 

 引用

Genome-scale probe and primer design with PRIMEGENS.

Srivastava GP, Xu D.

Methods Mol Biol. 2007;402:159-76.