GenomeTester 1.3はプライマーペアの結合サイトをゲノム全体から調べて、どれだけの断片が増幅されるのか予測するツール。データベース化されたヒトゲノムといくつかのモデル真核生物ゲノムで使用できる。
webサーバー
http://bioinfo.ebc.ee/genometester/
マニュアル
http://bioinfo.ebc.ee/genometester/help.php
使い方
名前とPCRに使うために設計したプライマーの配列２つを打ち込む。データベースはhg38。
最大の増幅サイズ (bp) と最大ヒット数を決め（デフォルトではいずれも1000）、Run GenomeTesterをクリック。必要ならメールアドレスも打つ。jobが始まる。
解析が終わっていれば、check resultsボタンを押すと結果が表示される。
Statistics file 結合サイトの数と、指定した条件で増幅される可能性のあるサイトの数が表示される。範囲を5000bpにすると3箇所増幅される可能性があることがわかる。
Primers file 全ての推定結合部位。
Multiplex file 増副産物の配列
Products file 594-bp、610-bp、618-bpと近いサイズの断片が増える。
目標以外の増幅でユニークな制限酵素サイトがあるなら、やや乱暴だがPCR後に制限酵素で処理して切り出すような操作も可能になります。シンプルですが使いやすいツールです。
複数のプライマーを一斉に調べたいなら、プライマーペアを１行に１つずつタブ区切りで書いたプレーンテキストを準備するしてください。
Primer1 TGCACAATTTGATGCCGGTTTAGTAT TTGTTGGTGGCTGCGTGCATAAT
Primer2 TTAAAATGCAGATGCTGAACTGGGAA TTGCTGTTTGATGGTGAATTAGGGAA
Excelからsave asでタブ区切り出力して読み込むのが簡単だと思います。Top pageでそのファイルを指定し、後の流れは同じです。
引用
GENOMEMASKER package for designing unique genomic PCR primers
Andreson R, Reppo E, Kaplinski L, Remm M
BMC Bioinformatics. 2006 Mar 27;7:172
