macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

エラーコレクションツール BLESS2

 

BLESS、BLESS2はショートリードのエラー補正ツール。BLESSはやや遅いという問題点があった。BLESS2は並列化に対応することで高速化された。またメモリ効率、および精度の要素でもBLESSより改善しているとされる。特に複数のノードが使える条件でランタイムは最速になっている(BLESS2論文)。

 

インストール

cent OSに導入した。

SourceForge

brewで0.24が導入できる(0.2がBless2のPreliminary release)

> bless

user$ bless

 

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           BLESS: Bloom-filter based error correction tool

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VERSION: 0.24

DATE   : Jan. 29, 2015

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1. USAGE

     bless <OPTIONS>

 

2. OPTIONS

     1) REQUIRED

     -read <file>: Unpaired input fastq file. One of "-read" or

          "-read1/-read2" should be used.

     -read1 <file>: Forward fastq file of paired-end reads. It should

          be used with "-read2".

     -read2 <file>: Reverse fastq file of paired-end reads. It should

          be used with "-read1".

     -kmerlength <number>: Length of k-mers.

     -prefix <string>: Output file prefix.

 

     2) OPTIONAL

     -count <integer>: Minimum occurrences for solid k-mers.

          This number is automatically determined when it is not

          given.

     -extend <integer>: Read extension amount. Default: 5.

     -fpr <float>: Target false positive probability for the Bloom

          filter. Default: 0.001.

     -smpthread <integer>: Number of threads used in a SMP node.

          Default: number of cores in each SMP node.

     -load <prefix>: Skip the solid k-mer finding step and load

          pre-built Bloom filter data. When BLESS is executed with

          "-prefix <prefix>" option <prefix>.bf.data and

          <prefix>.bf.size are generated. If "-load <prefix>" option

          is used, BLESS does not try to fiile solid k-mers in inputs

          and load the existing Bloom filter data files.

     -max_mem <4-1024>: Set maximum memory usage for KMC. Default: 4.

     -notrim: Turn trimming off.

     -seed <integer>: Set a seed for random number generation.

          Default: 0.

 

3. EXAMPLES

     1) PAIRED INPUT READS

     bless -read1 in1.fastq -read2 in2.fastq -prefix \

          directory/prefix -kmerlength 31

 

     2) UNPAIRED INPUT READ

     bless -read in.fastq -prefix directory/prefix -kmerlength 31

 

4. CONTACT

     Yun Heo (yunheo1@illinois.edu)

 

 

実行方法

シングルエンドのエラー補正。

bless -read input.fq -prefix outut -kmerlength 31
  • -read <file> Unpaired input fastq file. One of "-read" or           "-read1/-read2" should be used.
  • -prefix <string> Output file prefix.  
  • -kmerlength <number> Length of k-mers.

 

ペアードエンドのエラー補正。

bless -read1 pair1.fq -read2 pair2.fq -prefix outut
  • -read1 <file> Forward fastq file of paired-end reads. It should           be used with "-read2".
  • -read2 <file> Reverse fastq file of paired-end reads. It should           be used with "-read1".

 

引用

BLESS: bloom filter-based error correction solution for high-throughput sequencing reads

Heo Y, Wu XL, Chen D, Ma J, Hwu WM

Bioinformatics. 2014 May 15;30(10):1354-62