macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

エラーコレクションツール ACE

 

 

インストール

cent OSに導入した。

Github

https://github.com/sheikhizadeh/ACE/

brewで導入できる。

 

パスが通ったディレクトリに移動しておく。 

user$ delly

**********************************************************************

Program: Delly

This is free software, and you are welcome to redistribute it under

certain conditions (GPL); for license details use '-l'.

This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details use '-w'.

 

Delly (Version: 0.7.7)

Contact: Tobias Rausch (rausch@embl.de)

**********************************************************************

 

Usage: delly <command> <arguments>

 

Commands:

 

    call         discover and genotype structural variants

    merge        merge structural variants across VCF/BCF files and within a single VCF/BCF file

    filter       filter somatic or germline structural variants

 

 

 

ラン

ゲノムサイズを指定してエラー補正を行う。出力はヘッダーなしのsamになる。

ace 4000000 input.fq output

k-merサイズをユーザが指定する事は出来ない。

 

 

 

引用

 

ACE: accurate correction of errors using K-mer tries

Siavash Sheikhizadeh Dick de Ridder

Bioinformatics, Volume 31, Issue 19, 1 October 2015, Pages 3216–3218