macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

htmlベースでDGEリストからベン図を作成できるVennt

 

Venntは共通するDGEを図示するのによく使われるベン図を簡単に描画してくれるhtmlベースのツール。

 

公式ページ

http://drpowell.github.io/vennt/

インストール

Github

https://github.com/drpowell/vennt

brew install npm #npmがない人だけ

npm install -g browserify
npm install -g clean-css
npm install hbsfy@1.3
npm install handlebars-runtime
npm install coffeeify
./build.sh

 

  

 

ラン

ランにはcuffdiffの解析結果を入力するだけでよい。

python vennt.py --cuffdiff gene_exp.diff > my-vennt.html

 

公式サイトからリンクされているデモを確認してみる。

f:id:kazumaxneo:20171209003602j:plain

 

左上のboxをクリックすることでベン図に落とし込むデータを選択できる。

WT vs MT1とWT vs MT2だけ選択。

f:id:kazumaxneo:20171209003741j:plain

 

全データを選択し、FDRを0.01から0.05に変更、log FCは1に変更(2倍以上変動)。

f:id:kazumaxneo:20171209004020j:plain

3データ以上で共通するDGEはゼロになった。

 

ベン図の数値をクリックすれば、該当遺伝子のテーブルに切り替わる。青の2をクリック。

f:id:kazumaxneo:20171209005834j:plain

下の表に2遺伝子が表示された。

Download CSVからデータをダウンロードできる。この条件でクリックすると2遺伝子だけの.csvファイルとなる。

 

 

 

 

引用

Vennt by David R. Powell