2020 7/16 ツイート追記
Degustはweb上でRNA seq解析を行うことができるツール。DEG解析などを主眼においている。リードカウントデータ(CSVファイル)をアップロードするだけで使うことができる。
Degustに関するツイート
Tool Technique Tuesday: Even more features of degust, our RNA Seq data explorer and analyser. Written by our director @d_r_powell https://t.co/PcadycuuEC
— Nick Wong (@methylnick) 2020年7月13日
Today we will go over some tweaks you can make of the heatmap plot, change colours and export pub quality figs.@MonashUni pic.twitter.com/5ktsBilPqc
2021 2/10
Learn how to analyse your https://t.co/7JkBiDXucW #RNAseq data with Degust 👇 https://t.co/c0rGPTfouv
— Mark Ziemann (@mdziemann) February 8, 2021
簡単な説説明
https://github.com/drpowell/degust
webサイト(topにチュートリアルビデオとdemoデータもあり)Version : 3.1.0
使用するにはGoogleアカウントかtwitterアカウントでログインする必要がある。
Degust : Demo
demoデータ
左上のConditionsボックスから分析したいサンプルを変更できる。wtを外した。
wtのチェックを再び付け、methodをedgeRに変更、比較をwtに変え、FDRを0.05に変更、表示するlog fold changeを1(2倍以上変動)に変更。
heat mapの上にカーソルを合わせると、上の図で該当する遺伝子が強調表示される。
この条件で残った(DGEと判定された)geneをクリックすると、NCBI geneに飛ぶことができる。
歯周病菌Porphyromonas gingivalisのgeneであることがわかる。2つ登録されている。
他にデータがあれば、DEG判定された遺伝子が、どのような条件で変動する遺伝子なのか、他のデータから探ることもできる。
NCBI GEO
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
右のpathwayから特定のpathwaだけ表示することもできる。
Biosyntesis of Steroidsを選択。
2遺伝子だけDEG判定されている (FDRを1に戻した)。
pathwayを非選択に戻し、上のメニューからMA plotに切り替える。
赤はよりsignificantなgeneである。FDRの右にあるバーを動かす。
FDRを小さくするとほぼ赤のプロットだけになった。
MDS(主座標分析)
ライブラリサイズ
テーブルはCSV形式でダウンロードできる。
右端のR codeを選択すると、描画に用いられたRのコードを見ることができます。ログとして残しておくのもいいと思います。
引用
多次元尺度構成法 | 複数の RNA-Seq サンプルを相関に基づいて 2 次元空間にプロット