macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

webベースでRNA seqのDGE解析などができるDegust

 

Degustはweb上でRNA seq解析を行うことができるツール。DGE解析などを主眼においている。リードカウントデータ(CSVファイル)をアップロードするだけで使うことができる。

 

Degustに関するツイート。

 

簡単な説説明

Degust by David R. Powell

Github

https://github.com/drpowell/degust

 

webサイト(topにチュートリアルビデオとdemoデータもあり)Version : 3.1.0

http://degust.erc.monash.edu

使用するにはGoogleアカウントかtwitterアカウントでログインする必要がある。

 

demoデータ

f:id:kazumaxneo:20171208172625j:plain

 

左上のConditionsボックスから分析したいサンプルを変更できる。wtを外した。

f:id:kazumaxneo:20171208172724j:plain

 

wtのチェックを再び付け、methodをedgeRに変更、比較をwtに変え、FDRを0.05に変更、表示するlog fold changeを1(2倍以上変動)に変更。

f:id:kazumaxneo:20171208173339j:plain

 

 

heat mapの上にカーソルを合わせると、上の図で該当する遺伝子が強調表示される。

f:id:kazumaxneo:20171208175626j:plain

 

 

この条件で残った(DGEと判定された)geneをクリックすると、NCBI geneに飛ぶことができる。

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歯周病菌Porphyromonas gingivalisのgeneであることがわかる。2つ登録されている。

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他にデータがあれば、DEG判定された遺伝子が、どのような条件で変動する遺伝子なのか、他のデータから探ることもできる。 

NCBI GEO

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

 

右のpathwayから特定のpathwaだけ表示することもできる。

Biosyntesis of Steroidsを選択。

f:id:kazumaxneo:20171208175136j:plain

2遺伝子だけDEG判定されている (FDRを1に戻した)。

 

pathwayを非選択に戻し、上のメニューからMA plotに切り替える。

f:id:kazumaxneo:20171208180023j:plain

赤はよりsignificantなgeneである。FDRの右にあるバーを動かす。

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FDRを小さくするとほぼ赤のプロットだけになった。

 

MDS(主座標分析)

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ライブラリサイズ

f:id:kazumaxneo:20171208180949j:plain

テーブルはCSV形式でダウンロードできる。

 

 

 

右端のR codeを選択すると、描画に用いられたRのコードを見ることができます。ログとして残しておくのもいいと思います。

 

引用

Degust by David R. Powell

 

多次元尺度構成法 | 複数の RNA-Seq サンプルを相関に基づいて 2 次元空間にプロット